公司员工加班时，扣除用餐时间是合理的。下面我将从法律角度为您详细解释这一点：

法律解释

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间时，需要支付高于正常工作时间工资的工资报酬。具体标准如下：

• 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
• 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

由此可见，加班费的计算是基于实际提供劳动的时间。而员工在用餐期间并未提供劳动，因此用餐时间不应计入加班时间，用人单位也无需为用餐时间支付加班费。

实际情况分析

在实际操作中，用人单位通常会根据员工的工作情况和加班时间，合理安排用餐时间，并在计算加班费时扣除用餐时间。这种做法既符合法律规定，也体现了公平合理的原则。

结论

综上所述，公司员工加班时扣除用餐时间是合理的。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我擅长处理婚姻家庭、劳动纠纷等领域的法律问题，愿意为您提供专业的法律建议和服务。