工程项目经营承包协议书的合法性需根据具体情况判断，若协议内容合法、主体适格且程序合规，则协议合法有效；反之，则可能因违法而无效。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议内容合法性
合同目的与内容：
- 工程项目经营承包协议书应明确双方的权利义务，包括工程范围、建设工期、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备的供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期等条款。
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，如不得违反建筑法、招标投标法等相关法律法规的规定。例如，若协议涉及必须进行招标的项目而未招标，或中标无效等情形，则协议可能因违法而无效。
禁止性条款：
- 协议中不得包含免除发包人应承担的法定责任或加重承包人责任、排除承包人主要权利等不公平条款。
- 例如，若协议中约定“无论何种原因导致工程延期，承包人均需承担全部责任”，这样的条款可能因显失公平而被认定为无效。
二、协议主体适格性
发包人资质：
- 发包人应具备相应的发包资质，如建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等。若发包人未取得相关资质或资质已过期，则可能影响协议的合法性。
承包人资质：
- 承包人应具备相应的施工资质，如建筑施工企业资质等级证书等。若承包人未取得相应资质或超越资质等级承揽工程，则协议可能因违法而无效。
- 此外，若承包人将工程转包或违法分包给不具备相应资质条件的单位，这样的转包或分包协议也是无效的。
三、协议程序合规性
招标投标程序：
- 若工程项目属于必须进行招标的范围，则应按照招标投标法的规定进行招标投标程序。若未进行招标或招标程序违法，则可能影响协议的合法性。
合同签订程序：
- 协议应经双方当事人协商一致后签订，并加盖公章或合同专用章。若协议签订程序存在瑕疵，如未经双方协商一致、未加盖公章等，则可能影响协议的效力。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 若工程项目经营承包协议书因违法而无效，则双方当事人应承担相应的法律责任。例如，发包人可能需承担因违法发包而导致的行政处罚责任；承包人可能需承担因违法施工而导致的工程质量问题责任等。
建议：
- 在签订工程项目经营承包协议书前，双方当事人应仔细审查协议内容、主体资质和程序合规性等方面的问题，确保协议合法有效。
- 若对协议的合法性存在疑问，建议咨询专业律师进行法律审查，以避免潜在的法律风险。
举例说明：假设某工程项目必须进行招标，但发包人未进行招标而直接与承包人签订了经营承包协议书。后因工程质量问题引发纠纷，法院在审理时发现该协议未经过招标程序，因此认定协议无效。在此情况下，发包人和承包人均需承担相应的法律责任。
总结来说，工程项目经营承包协议书的合法性需根据协议内容、主体资质和程序合规性等方面进行综合判断。若您对协议的合法性存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。