如果废除劳务派遣制度，已经在派遣中的劳动者，其权益会受到法律的保护，并不会因为制度的废除而受到影响，具体来说有以下几种情况：
合同继续履行：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律效力，双方应继续履行。因此，即使劳务派遣制度被废除，已经签订的劳务派遣合同在有效期内仍然有效，派遣单位和用工单位应继续按照合同约定履行各自的义务，保障劳动者的合法权益。
合同变更或解除：
- 如果因劳务派遣制度的废除导致原合同无法继续履行，派遣单位和用工单位可以协商变更合同内容，如调整工作岗位、工作地点、薪酬待遇等，以适应新的法律环境。
- 若双方无法就合同变更达成一致，且符合法律规定的解除条件（如不可抗力、合同目的无法实现等），则可以依法解除合同。但在此情况下，派遣单位应提前通知劳动者，并按照法律规定支付经济补偿金。
劳动者权益保障：
- 无论合同是继续履行、变更还是解除，派遣单位和用工单位都应确保劳动者的合法权益不受侵害。这包括但不限于支付劳动报酬、提供劳动保护、缴纳社会保险等。
- 如果因制度废除导致劳动者权益受损，劳动者有权向劳动行政部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
特殊情况处理：
- 对于某些特殊行业或岗位，如涉及国家安全、公共利益等，政府可能会出台相关政策或规定，对劳务派遣制度的废除进行特殊处理。在这种情况下，派遣单位和用工单位应密切关注政策动态，及时调整经营策略，确保合规运营。
法律建议：
- 对于已经在派遣中的劳动者，建议密切关注劳务派遣制度的相关动态，了解自己的权益和义务。
- 如果遇到合同履行、变更或解除等问题，建议及时与派遣单位和用工单位沟通协商，寻求妥善解决方案。
- 若协商无果或权益受到侵害，建议及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果派遣单位和用工单位违反法律规定，未保障劳动者的合法权益，可能会面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 劳动者也有权通过法律途径追究派遣单位和用工单位的法律责任，要求赔偿损失等。
总之，废除劳务派遣制度并不会影响已经在派遣中的劳动者的权益。派遣单位和用工单位应依法履行合同义务，保障劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。