结论前置：员工提交辞职信后反悔，公司自行取消合同是否合法，需分情况讨论。一般情况下，若公司未同意员工反悔，公司取消合同（即按原辞职信处理）是合法的；但若存在特殊情况，如公司同意员工继续工作或员工能证明辞职非真实意思表示，则公司自行取消合同可能不合法。
详细分析：
一般情况下，公司取消合同合法
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这一行为自辞职信到达用人单位时即生效，原则上劳动者不能随意反悔。
- 实际影响：用人单位在收到辞职信后，通常会开始安排工作交接、招聘新员工等事宜。若允许劳动者随意反悔，将可能影响用人单位的正常经营秩序。
- 实例说明：假设员工小李提交了辞职信，公司收到后开始安排工作交接。若小李随后反悔，但公司未同意其继续工作，则公司按原辞职信处理，即小李离职，是合法的。
特殊情况下，公司取消合同可能不合法
- 公司同意员工继续工作：若公司在员工提出反悔后表示同意其继续工作，则双方可视为达成了新的合意，继续履行原劳动合同。此时，公司若再自行取消合同，则可能构成违约。
- 员工意思表示不真实：若员工能证明辞职信是在受欺诈、胁迫或乘人之危等违背真实意思的情况下提交的，可请求撤销该辞职行为。在此情况下，公司若按原辞职信处理，即取消合同，则可能不合法。
- 实例说明：员工小张因家庭突发状况急需用钱，被公司领导以不批准借款为由胁迫提交辞职信。事后，小张收集到证据证明辞职非真实意思表示，此时公司若再按原辞职信处理，即取消合同，则可能面临法律纠纷。
法律建议：
- 对于员工：在提交辞职信前，应慎重考虑，确保选择符合个人职业规划和发展。若出现反悔情况，应尽快与公司进行沟通，解释反悔原因，并寻求公司的理解和支持。
- 对于公司：在收到员工的辞职信后，应尽快安排工作交接等事宜。若员工提出反悔，公司应根据实际情况和公司规定，谨慎处理。若同意员工继续工作，应明确双方的权利和义务，避免后续纠纷。
可能后果：
- 若公司未经员工同意，擅自按原辞职信处理（即取消合同），可能面临员工提起劳动仲裁或诉讼的风险，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金等。
- 若员工能证明辞职非真实意思表示，且公司按原辞职信处理，则公司可能面临法律纠纷和声誉损失。
综上所述，员工提交辞职信后反悔，公司自行取消合同是否合法，需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。