结论：给小叔子签的房子协议，见证人当时没在现场，过段时间再签见证部分在法律上并非绝对不可行，但可能存在一定风险，具体需根据协议内容、见证方式及后续可能的法律争议情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、见证人的作用与法律要求
见证人通常用于证明协议签订过程的真实性、自愿性，以及协议内容的准确性。在法律上，见证人的存在可以增强协议的证据效力，尤其是在协议发生争议时，见证人的证言可能成为关键证据。然而，法律并未明确规定见证人必须在协议签订时同时在场，只要见证人能够真实、准确地反映协议签订的情况，其见证行为在法律上通常是有效的。
二、过段时间再签见证部分的风险
- 真实性风险：如果过段时间再签见证部分，见证人可能无法准确回忆协议签订时的具体情况，如双方的表情、语气、是否有胁迫或欺诈等情形。这可能导致见证人的证言在法律上受到质疑，从而影响协议的证据效力。
- 自愿性风险：如果协议签订后，双方或其中一方对协议内容产生异议，过段时间再签见证部分可能被视为对协议内容的变更或补充，这可能引发关于双方是否自愿签订见证部分的争议。
- 法律程序风险：在协议发生争议并诉诸法律时，如果见证人无法出庭作证或其证言被法院认为不可信，可能导致协议的部分或全部内容无法得到法院的支持。
三、建议与措施
- 尽量当场见证：为了降低风险，建议尽量在协议签订时邀请见证人同时在场，并确保见证人能够真实、准确地反映协议签订的情况。
- 完善见证手续：如果确实需要过段时间再签见证部分，应确保见证人能够详细、准确地记录协议签订时的相关情况，并在见证部分明确说明见证的时间、地点、方式及见证内容。同时，建议见证人在见证部分签字并捺印，以增强其法律效力。
- 考虑其他证据形式：除了见证人外，还可以考虑采用其他证据形式来证明协议的真实性和自愿性，如录音、录像、书面确认等。这些证据形式可以与见证人的证言相互印证，提高协议的证据效力。
- 咨询专业律师：在签订涉及重大权益的协议时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助当事人完善协议内容、降低法律风险。
最后，虽然过段时间再签见证部分在法律上并非绝对不可行，但为了确保协议的法律效力和降低风险，建议尽量在协议签订时邀请见证人同时在场，并完善相关见证手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。