退休后从事两份工作且收入超过5000元时，需按照综合所得进行个人所得税的缴纳，具体纳税方式如下：

1. 纳税义务的产生：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，退休人员再任职取得的收入，在减除按个人所得税法规定的费用扣除标准后，应按“工资、薪金所得”应税项目缴纳个人所得税。这意味着，无论您是否已经退休，只要再任职并取得收入，就需要依法纳税。

2. 纳税的计算方式：

   • 当您从事两份工作且总收入超过5000元时，您的纳税金额将基于您的综合所得来计算。综合所得包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得等。对于退休后再任职的情况，主要关注的是工资、薪金所得。
   • 您的应纳税所得额将是您的总收入减去5000元的起征点，再减去专项扣除（如基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等）、专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等支出）以及其他依法确定的扣除项目后的余额。
   • 根据应纳税所得额，对照个人所得税税率表，计算出应缴纳的个人所得税额。

3. 纳税的申报与缴纳：

   • 您需要按照税法规定的时间节点进行纳税申报。通常，个人所得税是按月预缴，年度汇算清缴的。这意味着您每个月都需要根据您的收入情况预缴一部分税款，然后在年底进行汇算清缴，多退少补。
   • 在申报时，您需要提供相关的收入证明和扣除凭证，以便税务机关准确计算您的应纳税额。

4. 特殊情况的考虑：

   • 如果您的一份工作是按照“劳务报酬所得”来计税的，那么这部分收入在年度汇算清缴时需要与您的工资、薪金所得合并计算，共同确定您的应纳税额。
   • 如果您享受了某些税收优惠政策或者有特殊的扣除项目，也需要在申报时进行说明和提供相关证明。

建议：

• 为了确保您的纳税合规性，建议您在取得收入后及时与用人单位沟通，了解您的纳税义务和申报流程。
• 您也可以咨询当地的税务机关或者专业的税务顾问，以获取更具体和个性化的纳税指导。
• 请务必保留好您的收入证明和扣除凭证，以备税务机关查验。