如果个人在两家公司分别取得的工资合计超过了5000元，那么是否需要缴税以及缴税的金额，取决于全年的综合所得收入以及各项扣除项目。

首先，需要明确的是，个人所得税是按年综合所得进行计算和汇算清缴的。每月5000元的起征点是针对每月的预扣预缴阶段，而并非全年累计的额度。因此，即使每个月从两家公司合计获得的工资超过5000元，也并不意味着就需要立即缴税。

在年度终了后，个人需要将全年在各处取得的收入（包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得等）进行合并，并减去全年的基本减除费用（即6万元）、专项扣除（如社保费、住房公积金等）、专项附加扣除（如子女教育、继续教育等支出）以及依法确定的其他扣除后的余额，作为应纳税所得额。

根据应纳税所得额，再查找对应的税率表计算出应纳税额。如果全年预缴的税额多于实际应纳税额，可以申请退税；如果少于实际应纳税额，则需要补缴税款。

因此，对于在两家公司分别取得工资的个人来说，需要关注自己的全年综合所得情况，并合理规划自己的税务筹划策略。建议在年度汇算清缴时，咨询专业的税务顾问或税务机关进行进一步了解，以确保税务合规性并最大化自己的利益。