国企开发商以工程房抵房的行为，在符合相关法律法规和合同约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性基础
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权在法律规定的范围内自由订立合同，包括以物抵债的合同。国企开发商与工程承包方或供应商之间，如果通过协商一致，同意以房屋作为工程款或货款的支付方式，并签订了相应的以物抵债合同，这种行为是受到法律保护的。
以物抵债的合法性：
- 以物抵债是一种常见的债务清偿方式，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该合同即具有法律效力。在房产领域，以房屋抵债同样适用这一原则。
合法性条件
房屋产权清晰：
- 国企开发商用于抵债的房屋必须产权清晰，无争议。如果房屋存在产权纠纷或抵押、查封等情况，将影响以物抵债合同的效力。
符合规划与建设要求：
- 抵债房屋必须符合城市规划和建设要求，具备合法的建设手续和销售许可。否则，该房屋可能无法办理产权过户手续，导致以物抵债合同无法履行。
合同内容合法合规：
- 以物抵债合同的内容必须合法合规，包括房屋的描述、价值、交付时间、产权过户等条款必须明确且合法。双方应确保合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
潜在风险与防范
房屋价值评估：
- 在以物抵债过程中，双方应对房屋的价值进行准确评估，以确保抵债金额的合理性。如果房屋价值被高估或低估，可能引发纠纷。
产权过户手续：
- 双方应尽快办理房屋的产权过户手续，以确保抵债行为的合法性和有效性。如果因各种原因无法及时办理过户手续，双方应签订书面协议明确相关责任和义务。
税务合规：
- 以物抵债行为可能涉及税务问题，如契税、个人所得税等。双方应确保税务合规，避免因税务问题引发纠纷或法律责任。
实际操作建议
签订书面合同：
- 双方应签订详细的书面以物抵债合同，明确房屋的描述、价值、交付时间、产权过户等条款，以及双方的权利和义务。
咨询专业律师：
- 在进行以物抵债交易前，建议双方咨询专业律师，以确保交易的合法性和有效性，并防范潜在的法律风险。（此条为一般性建议，在实际操作中，你作为当事人可直接向我咨询相关法律问题）
办理相关手续：
- 双方应按照合同约定和相关法律法规的规定，及时办理房屋的交付、产权过户等手续。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。