工伤休假期间，员工的绩效奖金一般不应被扣除，但具体处理需根据劳动合同、单位规章制度以及绩效奖金的性质来综合判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律原则与保障
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”应理解为涵盖基本工资、奖金、津贴等全部工资性收入，旨在全面保障工伤职工的合法权益。因此，从法律原则上看，工伤休假期间，员工的绩效奖金不应被扣除。
二、绩效奖金的处理原则
与工作业绩紧密挂钩的绩效奖金：
- 如果绩效奖金严格依据员工在特定时期的工作成果（如销售量、项目完成度等）发放，且工伤职工在此期间确实无法履行工作职责，未达到绩效奖金的发放条件，用人单位可依据绩效考核制度合理扣减相应奖金。但需注意，这种扣减应基于合理、公正的绩效考核制度，且不能违反法律法规的强制性要求。
- 举例：若某销售员工的绩效奖金直接与其月度销售业绩挂钩，而其在工伤休假期间无法进行销售工作，则用人单位可不发放该月与销售业绩相关的绩效奖金。但应确保该员工在工伤休假前的销售业绩已得到合理计算和发放。
与工作业绩关联不大的绩效奖金：
- 如果绩效奖金基于员工长期的综合表现、团队合作、工作态度等因素评定，且工伤假仅为短期停工，不影响对员工整体表现的评估，则用人单位不应扣减工伤职工的绩效奖金。
- 举例：年度绩效奖金综合考虑员工全年表现，员工虽在某月因工伤休假，但其余时间表现优异，用人单位不得因此扣减其年度绩效奖金。
三、劳动合同与规章制度的约定
- 若劳动合同或单位规章制度中明确规定了工伤假期间绩效奖金的发放方式及标准，且这些规定不违反法律法规的强制性要求，则应按照约定执行。
- 举例：若劳动合同中明确工伤假期间绩效奖金按一定比例发放，用人单位需依约支付相应比例的奖金。但需注意，该比例应合理且不低于法律法规规定的最低标准。
四、特殊情况处理
- 在实际操作中，若单位规章制度或劳动合同中的相关规定与《工伤保险条例》的精神存在冲突，应以保障工伤职工权益为优先，确保“原工资福利待遇不变”的基本原则得到落实。
- 若职工在停工留薪期满后仍需治疗，其工资福利待遇可能会根据具体情况有所调整。但企业应确保调整后的待遇仍能满足职工的基本生活需求，且不得违反法律法规的强制性要求。
五、建议与指导
- 对于用人单位：在制定绩效考核制度和劳动合同条款时，应充分考虑工伤职工的权益保障问题。避免制定过于苛刻或不合法的条款，以免引发劳动争议和法律风险。
- 对于工伤职工：在工伤休假期间，应了解自己的权益和维权途径。如遇用人单位不合理扣减绩效奖金的情况，可及时与用人单位沟通协商或向相关部门投诉举报。
综上所述，工伤休假期间员工的绩效奖金一般不应被扣除，但具体处理需综合考虑多种因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。