结论：针对您提出的“年终奖发一半第二年离职了已发的扣掉了怎么办”的问题，这主要涉及到年终奖的发放与离职后工资福利的处理两个核心点。以下是从不同角度为您进行的分析与建议。
一、年终奖的发放原则与离职后的处理
年终奖的发放原则：
- 年终奖通常是企业根据年度经营状况、员工个人表现及公司政策等因素，在年底或次年初向员工发放的额外奖励。
- 年终奖的发放并非法定强制，而是企业自主决定的福利政策。因此，具体发放方式、条件及金额等，往往由企业规章制度或劳动合同中约定。
离职后年终奖的处理：
- 如果您在年终奖发放前离职，且公司规章制度或劳动合同中明确规定了离职员工不享受年终奖，那么公司扣除已发部分（若实际已发且为预发）或不予发放剩余部分，可能并不违反法律规定。
- 但如果您在年终奖发放后离职，且公司无正当理由扣除已发年终奖，这可能构成违法。因为年终奖一旦发放，即成为您的合法收入，公司无权随意扣除。
二、针对您具体情况的分析与建议
核查公司规章制度与劳动合同：
- 首先，您需要仔细核查公司的规章制度以及您与公司签订的劳动合同中，关于年终奖发放与离职后处理的相关条款。
- 如果条款中明确规定了离职员工不享受年终奖或已发年终奖需扣除的情况，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司的行为可能具有合法性。
与公司协商沟通：
- 如果您认为公司的扣除行为不合理或违法，您可以先尝试与公司进行协商沟通，了解公司扣除年终奖的具体原因和依据。
- 在协商过程中，您可以提出自己的观点和诉求，如要求公司恢复已扣除的年终奖或给予合理的解释和补偿。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助。您可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在申请仲裁或提起诉讼时，您需要提供相关证据，如公司规章制度、劳动合同、年终奖发放记录等，以证明公司的扣除行为违法或不合理。
三、可能的法律后果与风险提示
如果公司行为合法：
- 如果公司的扣除行为符合公司规章制度和劳动合同的约定，且不违反法律法规的强制性规定，那么您可能无法追回已扣除的年终奖。
如果公司行为违法：
- 如果公司的扣除行为违法或不合理，您有权要求公司恢复已扣除的年终奖或给予相应的补偿。
- 同时，您还可以向劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁，以维护自己的合法权益。但需要注意的是，劳动争议仲裁或诉讼可能需要一定的时间和成本投入。
最后建议：针对您的情况，我建议您先仔细核查公司规章制度和劳动合同中关于年终奖发放与离职后处理的相关条款，然后与公司进行协商沟通。如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果您有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。