结论：阁楼办不了房产证，双方可以签订协议，但该协议的效力及能否实现预期目的存在不确定性，需分情况讨论。
协议内容合法合规时：
- 如果协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人利益，不违背公序良俗，那么该协议在双方之间是具有法律效力的。例如，双方约定因阁楼无法办理房产证，在特定条件下（如拆迁、出售等）的权益分配方式，只要条款清晰、合理，双方自愿签署，该协议可以约束双方行为。
- 风险提示：然而，由于阁楼本身无法办理房产证，可能存在产权不清晰或违法建设等问题。这种情况下，即使签订了协议，也可能因阁楼本身的合法性问题导致协议无法完全履行或产生纠纷。例如，如果阁楼是违法搭建，未来可能面临被拆除的风险，此时协议中关于阁楼权益的约定可能无法实现。
协议内容涉及违法或违规事项时：
- 如果协议内容涉及违法或违规事项，如试图通过协议将违法建设的阁楼合法化，或者约定违反房地产管理法规的内容，那么该协议是无效的。无效的协议自始没有法律约束力，双方不能依据该协议主张权利或履行义务。
- 风险提示：签订涉及违法或违规事项的协议，不仅无法保护双方的权益，还可能面临法律制裁。例如，如果因阁楼违法建设被相关部门查处，双方可能因签订违法协议而承担连带责任。
协议的实际履行问题：
- 即使协议内容合法合规，但由于阁楼无法办理房产证，协议的实际履行也可能面临困难。例如，在阁楼出售或抵押时，由于缺乏房产证，可能无法办理相关手续，导致协议无法完全履行。
- 建议：在签订协议时，双方应充分考虑阁楼无法办理房产证可能带来的风险，并在协议中明确约定风险承担方式、违约责任等条款，以降低未来可能产生的纠纷。
总结与建议：阁楼办不了房产证时，双方可以签订协议，但需确保协议内容合法合规，并充分考虑协议实际履行的可能性及风险。在签订协议前，建议双方对阁楼的产权状况、合法性等进行充分了解，并在协议中明确约定相关条款，以保护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。