结论：仅通过签订协议无法合法完成房屋过户，且存在重大法律风险，必须通过补办土地权属证明或通过司法程序解决权属问题后，方可依法办理过户登记。
一、协议无法替代土地权属证明的法律效力
根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力；未经登记不发生效力。房屋过户的核心要件是房产证与土地使用证（或不动产权证）双证齐全，仅签订协议仅能约束双方合同关系，无法产生物权变动的法律效力。
风险点：
- 协议可能被认定为“以合法形式掩盖非法目的”（如规避土地管理法规），导致合同无效；
- 买方无法取得物权，仅能依据《民法典》第577条主张违约赔偿，但赔偿范围受限于卖方履约能力；
- 若房屋涉及土地权属争议（如划拨土地未补缴出让金、集体土地违规交易），协议可能因违反《土地管理法》第63条而无效。
二、合法过户的解决方案
方案1：补办土地权属证明
- 查询土地权属状态：通过当地不动产登记中心调取房屋档案，确认土地性质（出让/划拨）、用途（住宅/商业）及是否存在抵押、查封等限制；
- 补办土地使用证：
- 若土地为划拨性质，需先补缴土地出让金并办理出让手续（《城市房地产管理法》第40条）；
- 若土地证遗失，需登报声明后向自然资源部门申请补发；
- 若土地权属存在争议（如继承、分割未确权），需先通过继承公证或司法确权程序明确权属。
方案2：通过司法程序强制过户
若卖方拒不配合补办手续，买方可依据《民法典》第533条主张情势变更，或以“根本违约”为由起诉要求：
- 解除合同并返还购房款；
- 赔偿房屋增值损失、装修损失等实际损失；
- 在土地权属清晰的前提下，申请法院出具协助执行通知书，强制办理过户。
三、协议的辅助作用与风险控制
若双方仍希望签订协议，需注意以下条款设计以降低风险：
- 明确违约责任：约定卖方未在期限内补办土地证的违约金（建议按日计算，如日万分之五）；
- 设置履约担保：要求卖方提供等值财产抵押或第三方担保，确保买方权益；
- 预留资金监管：将部分房款存入第三方监管账户，待过户完成后支付；
- 约定争议解决方式：优先选择仲裁（一裁终局）或房屋所在地法院管辖，提高执行效率。
建议：立即委托律师调取房屋档案，评估土地权属瑕疵的可修复性。若土地问题无法解决，建议及时止损，避免陷入长期诉讼风险。如有进一步疑问，可直接向我提供房屋档案信息，我将为您制定具体解决方案。