结论：厂里以前到手工资5500元，现在要扣个人五险一金，这一行为本身并不违法，但具体是否合法需结合实际情况判断，包括五险一金的缴纳基数、比例以及是否符合当地政策规定等。

分析：

1. 五险一金的缴纳义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险（五险），以及住房公积金（一金，虽非法律强制但广泛实行）。
   • 因此，从法律层面讲，用人单位从劳动者工资中扣除个人应缴纳的五险一金部分，是履行其法定义务的行为，并不违法。

2. 缴纳基数与比例：

   • 五险一金的缴纳基数通常与劳动者的工资挂钩，但具体基数和比例可能因地区、政策而异。
   • 缴纳比例也需遵循当地社保部门和住房公积金管理中心的规定，不得随意调整。
   • 若用人单位在扣除五险一金时，未按照规定的基数和比例进行，或者未将扣除的部分及时、足额缴纳至相关机构，则可能构成违法。

3. 到手工资的变化：

   • 劳动者到手工资的变化，除了与五险一金的扣除有关外，还可能受到其他因素的影响，如工资调整、奖金发放、税费变化等。
   • 若用人单位仅因扣除五险一金而导致劳动者到手工资减少，且扣除的五险一金部分符合法律规定，则这一行为是合法的。但若用人单位以此为由降低劳动者整体工资水平，则可能涉及违法。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 劳动者应了解自己的五险一金缴纳情况，包括缴纳基数、比例和金额等。
   • 用人单位应定期向劳动者提供工资条或社保缴纳明细，以便劳动者核对。
   • 若劳动者对五险一金的缴纳有疑问或发现异常，应及时向用人单位或当地社保部门、住房公积金管理中心咨询或投诉。

建议：

• 若您对厂里扣除五险一金的具体情况有疑问，建议首先向厂里的人力资源部门或财务部门咨询，了解扣除的明细和依据。
• 若您认为厂里的扣除行为存在违法或不合理之处，可以向当地社保部门或住房公积金管理中心投诉，或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费或住房公积金，可能面临社保部门或住房公积金管理中心的处罚，包括罚款、补缴等。
• 劳动者也可能因此遭受损失，如无法享受社会保险待遇或住房公积金贷款等，此时劳动者有权要求用人单位赔偿损失。