结论：仅从工资扣除五险一金后剩余2500元这一信息，无法直接判定是否合法，需要结合五险一金的缴费基数、缴费比例以及当地社保政策综合判断。以下为具体分析：

1. 五险一金的缴费基数与比例
   根据《社会保险法》及《住房公积金管理条例》，五险一金的缴费基数通常为职工上年度月平均工资，但各地会设定上下限（一般为当地社平工资的60%-300%）。缴费比例由当地政策规定，例如：
   
   • 养老保险：单位16%-20%，个人8%；
     
   • 医疗保险：单位6%-10%，个人2%；
     
   • 失业保险：单位0.5%-2%，个人0.5%；
     
   • 工伤保险、生育保险：由单位缴纳，个人不承担；
     
   • 住房公积金：单位和个人各5%-12%。
     

若公司以4000元为缴费基数（未低于当地下限），按常见比例计算（如养老个人8%、医疗个人2%、失业个人0.5%、公积金个人5%），个人应承担部分约为：
4000×(8%+2%+0.5%+5%)=620元
扣除后应剩余：4000-620=3380元。
若剩余2500元，说明个人承担部分高达1500元，可能存在以下问题：

• 公司未按实际工资申报缴费基数（如故意降低基数以减少单位缴费）；
  
• 公司违规将单位应承担的部分转嫁给员工（如将单位应缴的公积金比例加到个人部分）。

1. 当地社保政策的合规性
   若当地社保缴费基数下限高于4000元（如某地下限为5000元），公司必须按5000元作为基数缴费，此时个人承担部分会更高，但剩余工资可能仍低于2500元。需结合当地具体政策判断。
   若公司未按政策规定的基数或比例缴费，则属于违法行为，员工可向当地社保局或公积金管理中心投诉，要求公司补缴差额。

2. 工资扣除的合法性边界
   根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，仅在法定情形下（如代扣社保、个税、赔偿损失等）可扣除。若公司以“五险一金”名义扣除的金额超过法定比例或基数，员工有权要求公司返还多扣部分，并可通过劳动仲裁维权。

建议行动：

1. 向公司人力资源部门索要工资条，核对五险一金的缴费基数、比例及个人承担金额；
   
2. 查询当地社保局、公积金管理中心公布的缴费基数上下限及比例；
   
3. 若发现公司违规，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或证据收集方法。