结论：员工休息3天扣一天公休是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及休息的性质等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度合法且明确约定：
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工在特定情况下（如请假、旷工等）休息会扣除公休，并且该规章制度已经通过民主程序制定，且已向员工公示或告知，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
劳动合同中有明确约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工在特定情况下休息会扣除公休，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除也是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条，劳动合同应当具备以下条款：…（六）劳动报酬；…（八）劳动保护、劳动条件和职业危害防护；…。虽然直接条款未提及公休扣除，但劳动报酬和劳动条件等条款可以间接涉及此类约定，只要不违反法律强制性规定即有效。
二、休息的性质
法定休假或带薪年休假：
- 如果员工休息的是法定休假（如周末、法定节假日）或带薪年休假，那么公司通常无权扣除公休。因为这些休假是员工的法定权利，公司应当予以保障。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十条、第四十五条，用人单位在下列节日期间应当依法安排劳动者休假：…（具体节日）。劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。
事假、病假等非带薪休假：
- 如果员工休息的是事假、病假等非带薪休假，且公司规章制度或劳动合同中有明确约定扣除公休的，那么这种扣除可能是合法的。但需注意，扣除公休应合理且符合法律法规的规定。
三、合法性判断与建议
- 合法性判断：要判断员工休息3天扣一天公休是否合法，需综合考虑公司规章制度、劳动合同约定以及休息的性质。如果公司规章制度或劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时休息的性质也符合扣除公休的条件，那么这种扣除可能是合法的。
- 建议：
- 对于员工而言，如果认为公司的扣除行为不合法，可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应当制定合法、合理的规章制度，并明确告知员工；在扣除公休时，应当确保扣除的合法性和合理性，避免引发劳动纠纷。
总结：员工休息3天扣一天公休是否合法，需结合具体情况判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。