在探讨司机挂靠在公司是否能认定劳动关系这一问题时，我们首先要明确的是，劳动关系的认定并非单一因素决定，而是需要综合考量多个方面。

一、书面劳动合同的存在

如果司机与被挂靠公司之间存在书面的劳动合同，并且该合同被双方承认并履行，那么通常情况下，这会被视为构成劳动关系的直接证据。然而，在挂靠关系中，这种情况相对较少见，因为司机往往是由实际车主（挂靠人）直接雇佣的。

二、无书面劳动合同时的认定标准

当双方不存在书面劳动合同时，我们需要从以下几个方面来综合判断是否存在劳动关系：

1. 建立劳动关系的合意：

   • 挂靠关系中，挂靠人通常只是借用被挂靠公司的资质进行经营，被挂靠公司可能并不直接参与车辆的实际运营和管理。
   • 如果被挂靠公司甚至不知道挂靠人招用了哪些司机进行用工，那么双方之间显然不存在建立劳动关系的合意。

2. 工资及福利待遇：

   • 司机的工资通常由实际车主（挂靠人）支付，而不是由被挂靠公司支付。
   • 如果司机不享有被挂靠公司提供的福利待遇，如社会保险、年终奖等，这也表明双方之间不存在劳动关系。

3. 工作环境与管理监督：

   • 司机通常不在被挂靠公司的办公场所工作，而是在车辆运营过程中接受实际车主（挂靠人）的管理和指导。
   • 如果司机在工作时不受被挂靠公司的管理和监督，也不存在隶属关系，那么这同样表明双方之间不存在劳动关系。

三、特殊情况下的工伤责任

尽管在大多数情况下，挂靠关系下的司机与被挂靠公司之间不构成劳动关系，但在工伤责任方面，法律有特殊规定。根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》，个人挂靠其他单位对外经营，其聘用的人员因工伤亡的，被挂靠单位为承担工伤保险责任的单位。这意味着，即使司机与被挂靠公司之间不存在劳动关系，被挂靠公司仍需承担工伤保险责任。

四、实际案例分析

以您提供的案例为例，丁某将车辆挂靠在某物流有限公司名下，并雇佣了李某作为司机。李某在工作过程中受伤后，向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认与物流公司的劳动关系。然而，法院经审理认为，李某与物流公司之间并未发生直接联系，不存在人身、经济和组织上的隶属性，因此不支持李某的诉讼请求。但值得注意的是，尽管李某与物流公司之间不构成劳动关系，物流公司仍需根据法律规定承担工伤保险责任。

五、结论与建议

综上所述，司机挂靠在公司是否能认定劳动关系，需要综合考量多个方面。在大多数情况下，由于司机是由实际车主（挂靠人）直接雇佣的，并且与被挂靠公司之间不存在建立劳动关系的合意、工资及福利待遇的支付关系以及工作环境与管理监督的隶属关系，因此双方之间通常不构成劳动关系。然而，在工伤责任方面，被挂靠公司仍需承担相应的法律责任。

对于司机而言，建议在签订雇佣合同时明确双方的权利和义务，包括工资支付、福利待遇、工作环境与管理监督等方面。同时，也可以考虑购买相应的商业保险来保障自己的权益。对于被挂靠公司而言，则应加强对挂靠车辆的管理和监督，确保车辆运营的安全和合规性，并依法承担工伤保险责任。