工程建造师挂靠公司一般不能认定存在合法的劳动关系。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、违法性基础与劳动关系的不合法性
建筑法规的明确禁止：根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，建筑施工企业不得允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。工程建造师挂靠公司，即实际施工人并非被挂靠企业的真正员工，双方缺乏建立劳动关系的合意，且被挂靠企业对实际施工人没有实际的劳动管理行为。这种行为直接违反了法律规定，因此形成的“劳动关系”在法律上是不被认可的。
劳动关系的核心特征缺失：劳动关系的核心特征是用人单位对劳动者具有劳动管理权，包括日常管理、指挥、监督等。然而，在挂靠情形下，实际施工人通常自行组织施工队伍、安排工作任务、发放劳动报酬等，被挂靠企业并未真正行使这些权利。因此，这种关系不具备劳动关系中劳动管理的实质内容。
二、法律后果与风险
劳动纠纷处理复杂：一旦发生劳动纠纷，如劳动者发生工伤事故，虽然司法实践可能会出于保护劳动者权益的考虑，要求被挂靠企业承担一定的工伤保险责任，但这并不等同于认定双方存在合法的劳动关系。处理这类纠纷时，法律关系复杂，责任划分困难，可能给双方带来不必要的法律风险和损失。
行政处罚严厉：对于资质挂靠行为，相关部门会依法进行严厉的行政处罚，包括罚款、责令停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书等。这不仅会对涉事企业造成重大损失，还会严重影响企业的市场信誉和未来发展。
三、合法合规建议
为避免上述法律风险和问题，企业和个人应严格遵守相关法律法规和行业规定，不得参与任何形式的工程资质挂靠行为。具体而言：
企业方面：企业需要承揽工程时，应依法申请相应的工程资质，确保自身具备从事相关工程的合法资格。同时，企业应加强对员工的管理和培训，确保员工具备相应的专业技能和资质，避免因员工资质不足而引发的法律风险。
个人方面：个人想要从事工程建造师等相关工作时，也应先取得相应的执业资格，并确保自己的执业行为符合法律法规和行业规定。个人应避免将自己的资质证书挂靠到其他企业，以免因此承担不必要的法律责任。
综上所述，工程建造师挂靠公司一般不能认定存在合法的劳动关系。企业和个人应严格遵守相关法律法规和行业规定，确保自身行为的合法合规性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。