中标服务费由招标代理机构支付是否合理，需分情况讨论：

1. 常规做法与法律依据：

   • 通常情况下，招标代理服务费是由招标人支付给招标代理机构的。这是基于《中华人民共和国招标投标法》第十二条的规定，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜，由此产生的代理费用自然应由招标人承担。这种做法旨在保障招标投标活动的公正、公平和公开，防止招标代理机构滥用权力，同时保护招标人的合法权益。

2. 特殊约定下的支付主体：

   • 然而，如果招标人、招标代理机构与投标人之间在招标文件中明确约定，中标服务费（即招标代理服务费）由中标人支付，那么这种约定也是合法的。根据《中国招标投标协会关于贯彻<国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知>的指导意见》【中招协(2015)026号】，经事先约定，招标代理服务费可由中标人承担，并应在招标文件中注明。这种约定方式使得招标代理服务费与中标结果挂钩，便于统一费用结算流程。中标人在参与投标报价时，也会将可能需要支付的招标代理服务费考虑进投标总价中。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 明确约定：无论是由招标人还是中标人支付招标代理服务费，都必须在招标文件中明确约定，以确保投标人充分了解并接受该条件。这是避免后续纠纷的关键。
   • 合理确定费用：招标代理费的额度并非固定不变，招标人可以与招标代理机构协商确定。但无论费用如何确定，都应保持合理水平，以确保招标活动的顺利进行，并避免过高或过低的费用对招标活动产生不良影响。
   • 遵循法律法规：在支付招标代理费用时，各方应严格遵循相关法律法规的规定，确保支付过程合法合规，避免产生法律风险。

建议：

• 对于招标人而言，如果希望由中标人支付招标代理服务费，应在招标文件中明确约定，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
• 对于中标人而言，在参与投标前应仔细阅读招标文件，了解招标代理服务费的支付方式和金额，以便在投标报价时予以考虑。
• 如果双方在招标代理服务费的支付问题上存在争议，可以寻求专业法律人士的帮助，以确保合同条款的合法性和有效性，并维护自身的合法权益。

总之，中标服务费由招标代理机构支付是否合理，取决于招标文件中的约定以及相关法律法规的规定。在实际操作中，各方应遵循合法、公平、透明的原则，确保招标投标活动的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。