招标代理服务费由中标人支付是合理的，但这种做法也存在一些弊端。以下是对这一问题的详细分析：
合理性分析：
- 法律依据：根据2003年国家发展改革委办公厅发布的《关于招标代理服务收费有关问题的通知》，招标代理服务费用应由招标人支付，但招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。这意味着，在法律层面，允许招标人与招标代理机构约定由中标人支付招标代理费。
- 实务操作：在实务中，招标代理费由中标人支付通常是通过两步实现的：第一步是招标人与招标代理机构签订委托合同，约定招标代理费由中标人支付，并确定收费标准；第二步是招标文件规定招标代理费由中标人支付，并作为实质性条款要求投标人在投标报价时充分考虑。这种做法在民法学界被认为是基于“第三人代为履行制度”的，不违反法律行政法规的强制规定，约定受法律保护。
弊端分析：
- 市场调节价机制未实现：虽然国家发展改革委已规定招标代理服务费不再实行政府指导价，改为市场调节价，但由于招标人不承担费用，其立场更倾向于招标代理机构，对招标代理费的多少不太关心，甚至希望招标代理机构能够多收取招标代理费。这导致委托合同双方未能就委托费用数额进行有效商讨，无法形成市场价调解机制。
- 廉政风险：招标代理业务无资质要求，招标代理机构从业人员的水平参差不齐，且招标代理费相对较高。这种低门槛高收益的情况导致招标代理机构数量激增，竞争激烈。为了承揽业务，招标代理机构可能采用非正当手段甚至以向招标人关键人分配利润的方式承揽业务，存在很大的廉政风险。
- 不公平性：在国有投资项目中，招标人编制的招标控制价中不包含招标代理费，但要求投标人的投标报价中考虑招标代理费。这导致投标人为了谋取中标，只能认可看似公平的招标文件的规定，参加投标并承担招标代理费。这种做法实际上将招标代理费的负担转嫁给了中标人，对中标人而言并不公平。
综上所述，虽然招标代理服务费由中标人支付在法律上是合理的，但这种做法也存在诸多弊端。为了优化营商环境、降低中标企业负担并减少廉政风险，建议相关部门出台制度规定特别是国有投资项目实行谁委托谁付费制度，并由招标人主动承担招标代理费。同时，选择代理公司时应引入竞争机制，以提高招标代理机构的综合服务水平。