员工可以就社保最低基数缴纳问题申请劳动仲裁，但需分情况讨论：
- 若公司未依法足额缴纳社保
根据《社会保险法》第六十条、第六十二条，用人单位必须按员工实际工资总额（不得低于当地社平工资60%，不得高于300%）作为缴费基数。若公司故意按最低基数缴纳，属于“未足额缴纳社保”的违法行为，员工有权通过劳动仲裁要求公司：
- 补缴社保差额（需提供工资流水、劳动合同等证明实际工资）；
- 若因未足额缴纳导致员工无法享受社保待遇（如医保报销不足、养老金减少），可要求公司赔偿损失。
关键点：劳动仲裁委通常受理“补缴社保”的请求，但部分地区可能要求员工先向社保征收机构投诉（如税务局），由社保部门责令公司补缴；若公司拒不执行，再通过劳动仲裁或行政诉讼解决。
- 若公司按最低基数缴纳但符合当地政策
若员工工资低于当地社平工资的60%，公司按最低基数缴纳是合法的（如某地社平工资6000元，员工工资3000元，则最低缴费基数为3600元）。此时员工申请仲裁，可能因“无事实依据”被驳回。
建议行动步骤：
- 核实当地政策：查询所在城市社保缴费基数上下限（可通过当地人社局官网或12333热线确认）；
- 收集证据：整理工资条、银行流水、劳动合同等证明实际工资的材料；
- 先投诉后仲裁：向当地社保征收机构（如税务局）投诉，要求核查公司缴费基数；若未解决，再申请劳动仲裁。
法律依据：
- 《社会保险法》第六十条、第六十二条、第八十六条；
- 《劳动争议调解仲裁法》第二条（四）项（因社会保险发生的争议适用仲裁）。
如有进一步细节（如所在城市、工资水平等），可补充说明，我会为您具体分析。