结论：公司打卡系统钉钉显示“已离职”并“自动同意”是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及离职流程的实际操作等。以下从不同角度进行分析：

一、公司规章制度与劳动合同约定

1. 公司规章制度：

   • 如果公司规章制度中明确规定了离职流程，包括打卡系统显示离职状态的条件和程序，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，或者已经告知劳动者，那么公司按照规章制度操作可能是合法的。
   • 反之，如果公司规章制度未明确规定此类情况，或者规定与实际操作不符，那么公司的行为可能构成违法。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了离职流程，包括打卡系统的操作方式，那么公司应按照合同约定执行。
   • 如果劳动合同未约定或约定不明确，公司应依据相关法律法规和规章制度处理。

二、离职流程的实际操作

1. 自动离职与协商离职：

   • 如果劳动者是自动离职，且公司按照规章制度或劳动合同约定在打卡系统中显示“已离职”状态，这通常是合法的。
   • 如果劳动者是协商离职，且双方已就离职事宜达成一致，但公司未经劳动者同意擅自更改打卡系统状态，这可能构成违法，侵犯了劳动者的知情权。

2. 离职手续的办理：

   • 离职手续的办理应遵循一定的程序，包括工作交接、薪资结算、社保转移等。如果公司在未完成离职手续的情况下擅自更改打卡系统状态，可能影响劳动者的合法权益，如薪资结算、社保缴纳等。

三、法律后果与维权建议

1. 法律后果：

   • 如果公司的行为构成违法，劳动者有权要求公司纠正错误，恢复打卡系统状态，并可能要求公司承担因此造成的损失。
   • 如果公司拒不改正，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 维权建议：

   • 劳动者在发现打卡系统状态异常时，应及时与公司沟通，了解原因并要求公司纠正。
   • 如果公司拒绝纠正或无法联系到公司，劳动者可以收集相关证据（如劳动合同、公司规章制度、打卡记录等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

四、特殊情况考虑

• 系统故障或误操作：如果打卡系统显示“已离职”并“自动同意”是由于系统故障或误操作导致的，公司应及时修复系统并纠正错误，避免给劳动者造成不必要的困扰和损失。

总结与建议：公司打卡系统钉钉显示“已离职”并“自动同意”是否合法，需根据具体情况判断。劳动者在遇到此类情况时，应首先与公司沟通了解原因，并要求公司纠正错误。如果公司拒绝改正或无法联系到公司，劳动者可以收集相关证据并寻求法律援助或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。