针对您提出的问题，即企业工龄40年的员工因不能胜任工作而被依法解除合同应如何赔偿，以下是我根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当员工因不能胜任工作，且经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任时，用人单位在符合法定程序的前提下，是可以解除劳动合同的。但在此情况下，用人单位需要按照法律规定向员工支付经济补偿金。
一、经济补偿金的计算标准
基本标准：
- 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 对于您提到的40年工龄的员工，将按照其实际工作年限（即40年）支付相应的经济补偿金，即40个月的工资。
特殊情形下的调整：
- 如果员工的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。但这一调整仅适用于月工资极高的员工，对于大多数员工来说，并不适用。
二、解除劳动合同的程序要求
- 在解除劳动合同前，用人单位需要提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资作为代通知金。
- 同时，用人单位还需要确保解除劳动合同的决定是基于员工不能胜任工作，且已经过培训或调整工作岗位仍不能胜任的客观事实。
三、违法解除劳动合同的赔偿
- 如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，员工不要求继续履行的，用人单位应当依照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
- 对于40年工龄的员工来说，如果用人单位违法解除劳动合同，那么赔偿金将是其应得经济补偿金（即40个月工资）的两倍，即80个月的工资。但这种情况通常发生在用人单位未按照法定程序或条件解除劳动合同时。
四、注意事项
经济补偿金的计算基数：
- 经济补偿金中的“月工资”是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 如果员工月工资高于当地平均工资三倍，则按三倍数额封顶计算（但此情况对大多数员工不适用）。
维权途径：
- 如果用人单位拒绝支付合法的经济补偿金或赔偿金，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，对于企业工龄40年的员工因不能胜任工作而被依法解除合同的情况，用人单位应按照员工实际工作年限（40年）支付相应的经济补偿金（即40个月的工资）。同时，用人单位需要确保解除劳动合同的程序合法合规，以避免可能的法律纠纷和赔偿风险。如果员工对解除劳动合同或经济补偿金有异议，可以通过法律途径来维护自己的权益。