关于“分公司开发票，总公司收款是否合法”的问题，这确实是一个涉及税务和公司法规定的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、合规性分析
合同主体与发票开具主体的关系：
- 通常，合同主体应与发票开具主体保持一致，以确保交易的真实性和合法性。但在实际操作中，总公司和分公司之间可能存在业务上的紧密联系，导致总公司签订合同而由分公司提供具体服务或产品。
- 如果分公司确实提供了服务或产品，并且符合发票开具的条件，那么分公司开具发票是合理的。然而，收款方通常应与发票开具方一致，除非存在明确的委托收款协议。
税务规定：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。
- 分公司作为独立的纳税主体（如增值税一般纳税人或小规模纳税人），有权根据其实际发生的业务开具发票。但若收款方为总公司，则需确保存在合法的委托收款关系，并可能涉及税务上的特殊处理。
法律规定：
- 总公司与分公司之间在法律上是相互独立的责任主体，各自承担民事责任。因此，在涉及收款和发票开具时，应明确双方的权利和义务。
二、可能存在的风险
税务风险：
- 如果分公司开发票而总公司收款，且没有明确的委托收款协议，税务机关可能认为交易存在异常，怀疑虚开发票等税务违法行为。
- 跨地区操作时，由于税收管辖权问题，此行为可能被视为不符合规定，导致税务纠纷。
财务核算风险：
- 分公司开具发票确认收入，但款项由总公司收取，可能导致财务核算混乱，影响公司财务报表的准确性。
合同风险：
- 如果合同中明确约定了收款账户为分公司账户，而实际由总公司收款，将构成合同条款的违反，可能引发合同纠纷。
三、操作建议
明确合同条款：
- 在合同中明确约定服务或产品的提供方、发票开具方以及收款方。如果涉及分公司开发票而总公司收款的情况，应签订明确的委托收款协议。
加强内部沟通与管理：
- 总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司按照合同约定和税务规定进行操作。建立完善的内部审批流程和信息共享机制，确保总公司对分公司的业务情况有充分的了解和控制。
遵守税务法规：
- 确保发票的开具和税款的缴纳合法合规。如遇税务问题或疑问，应及时咨询专业税务机构或律师的意见。
谨慎处理总分公司关系：
- 在处理总分公司之间的业务往来时，应谨慎考虑税务和法律风险，确保行为的合法性和合规性。
总结：分公司开发票而总公司收款的行为并非绝对不可行，但需满足严格的条件和要求，包括签订明确的委托收款协议、确保交易的真实性和合法性、遵守税务和公司法规定等。为了降低风险，建议您咨询专业的税务顾问或律师，获取具体的法律指导和帮助。