结论：公司能否解除与刑满释放后仍在公司工作的劳动者的合同，主要取决于劳动者是否被依法追究刑事责任以及公司的规章制度和劳动合同中的相关约定。若劳动者被依法追究刑事责任，公司可以解除劳动合同；若未被追究刑事责任，但严重违反公司规章制度，公司也可能解除劳动合同；若均不满足，则公司不能随意解除劳动合同。以下是对此问题的详细分析：

一、劳动者被依法追究刑事责任的情况

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第六项的规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。这里的“被依法追究刑事责任”通常指的是劳动者被法院判决有罪，并承担刑事处罚，如被判处拘役、有期徒刑、缓刑等刑罚。若劳动者刑满释放，且其犯罪行为是在劳动合同履行期间内发生的，且被依法追究了刑事责任，那么公司有权解除劳动合同。

二、劳动者未被依法追究刑事责任，但严重违反公司规章制度的情况

1. 规章制度的有效性：

   • 公司的规章制度必须合法有效，即内容不违反法律法规的强制性规定，且制定程序合法（如经过民主程序制定、公示等）。
   • 规章制度中应明确规定哪些行为属于严重违反公司规章制度，以及相应的处理措施。

2. 劳动者的行为：

   • 若劳动者虽未被依法追究刑事责任，但其行为严重违反了公司的规章制度，且该行为与劳动合同的履行直接相关，那么公司有权根据规章制度解除劳动合同。
   • 例如，劳动者因犯罪行为被刑拘，但最终未被判刑，然而其长期无法正常履行工作职责，且该行为严重违反了公司的考勤制度或工作纪律，那么公司可能以此为由解除劳动合同。

三、劳动者未被依法追究刑事责任，且未严重违反公司规章制度的情况

1. 劳动合同的继续履行：

   • 若劳动者刑满释放后，未被依法追究刑事责任，且其行为未严重违反公司的规章制度，那么公司应继续履行劳动合同。
   • 公司不得仅因劳动者曾被刑事拘留或刑满释放而随意解除劳动合同，否则可能构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。

2. 公司的义务：

   • 公司应尊重劳动者的劳动权益，为劳动者提供必要的工作条件和劳动保护。
   • 若劳动者因刑满释放而面临就业困难，公司应给予一定的理解和支持，避免歧视性对待。

四、建议与注意事项

1. 审查规章制度：

   • 公司应定期审查并更新规章制度，确保其内容合法有效，且能够应对各种可能的情况。
   • 规章制度中应明确规定解除劳动合同的条件和程序，以便在需要时能够依法操作。

2. 与劳动者沟通：

   • 在处理此类问题时，公司应与劳动者进行充分沟通，了解其具体情况和想法。
   • 通过沟通，公司可以更好地判断劳动者的行为是否构成严重违反规章制度，以及是否需要解除劳动合同。

3. 遵循法定程序：

   • 若公司决定解除劳动合同，应遵循法定程序，如提前通知劳动者、与工会沟通等。
   • 确保解除劳动合同的手续合法合规，避免引发不必要的法律纠纷。

4. 寻求法律帮助：

   • 若公司在处理此类问题时遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的法律帮助。
   • 律师可以提供具体的法律建议和操作方案，帮助公司依法解决问题。

总之，公司能否解除与刑满释放后仍在公司工作的劳动者的合同，需根据具体情况来判断。若您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。