结论：小店老板在发现偷窃行为后，自行罚款1000元的行为，并不构成犯罪，但属于违法行为。具体来说，老板没有法律赋予的罚款权力，其自行罚款的行为可能涉及非法拘禁、敲诈勒索等违法行为的界定，需根据具体情况判断。

分析说明：

1. 罚款权力的法律归属：

   • 罚款作为一种行政处罚或刑事处罚措施，其权力严格归属于国家机关，如公安机关、法院等。
   • 私人，包括小店老板，并不具备法律赋予的罚款权力。因此，老板自行对偷窃者罚款的行为，缺乏法律依据。

2. 老板行为的法律性质：

   • 老板发现偷窃行为后，应首先选择报警，由公安机关依法处理。
   • 老板自行罚款的行为，若未伴随其他违法行为（如非法拘禁、暴力威胁等），则主要构成对偷窃者财产权的侵犯，但并不直接构成犯罪。然而，这种行为仍然是不合法的，偷窃者有权拒绝支付并寻求法律保护。
   • 若老板在罚款过程中伴随了非法拘禁、敲诈勒索等行为，则可能构成相应的犯罪。例如，非法拘禁罪是指以拘押、禁闭或者其他强制方法，非法剥夺他人人身自由的犯罪行为；敲诈勒索罪是指以非法占有为目的，对被害人使用实施恐吓、威胁或要挟的方法，非法占用被害人公私财物，从而构成犯罪。

3. 偷窃者的法律权益：

   • 偷窃者虽然实施了违法行为，但其合法权益仍受法律保护。
   • 偷窃者有权拒绝老板的不合法罚款要求，并可以向公安机关报案，维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于小店老板而言，发现偷窃行为后，应立即报警，由公安机关依法处理。切勿自行罚款或采取其他非法手段，以免触犯法律。
• 对于偷窃者而言，应认识到自己的违法行为，并接受法律的制裁。同时，也有权拒绝老板的不合法罚款要求，并寻求法律保护。

后续行动指南：

• 若您是小店老板，且已经实施了自行罚款的行为，建议立即停止该行为，并与偷窃者协商解决或等待公安机关处理。
• 若您是偷窃者，且受到了老板的不合法罚款要求，建议拒绝支付并立即向公安机关报案，维护自己的合法权益。

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