针对两公司工程纠纷导致农民工工资被拖欠的问题，你们可以采取以下措施来维护自身权益：
明确责任主体：
- 首先，需要弄清楚是哪家公司或哪几家公司直接负责支付你们的工资。在工程纠纷中，可能涉及总承包方、分包方或实际施工人等多个主体。根据《保障农民工工资支付条例》等相关规定，农民工有权要求与其建立劳动关系的用人单位支付工资。如果分包方或实际施工人拖欠工资，总承包方在未结清工程款范围内可能承担先行清偿责任。
收集证据：
- 保留好与工作相关的所有证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、工作服、与雇主的沟通记录（如短信、微信、邮件等）以及能够证明你们在该工程中工作的其他证据。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
协商解决：
- 在采取法律手段之前，可以尝试与拖欠工资的公司进行协商，寻求和解。可以明确表达你们的诉求，即要求立即支付拖欠的工资，并可以提出合理的支付计划和期限。
投诉举报：
- 如果协商无果，可以向当地劳动保障监察机构投诉举报。根据《劳动保障监察条例》等相关规定，劳动保障行政部门有权对用人单位遵守劳动保障法律、法规的情况进行监督检查，并对违法行为进行查处。投诉时，需要提交书面投诉材料，并附上相关证据。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果投诉举报后问题仍未得到解决，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种法定方式，其裁决具有法律效力。如果对仲裁裁决不服，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提交充分的证据来支持你们的诉求。
寻求法律援助：
- 如果你们在维权过程中遇到困难或需要法律帮助，可以向当地法律援助机构申请法律援助。法律援助机构会为符合条件的申请人提供免费的法律咨询和代理服务。
在采取上述措施时，还需要注意以下几点：
- 及时行动：不要拖延时间，尽快采取行动来维护自己的权益。因为时间拖得越久，证据可能越难收集，维权难度也可能越大。
- 保持冷静：在维权过程中保持冷静和理性，不要采取过激行为或言语攻击。通过合法途径来解决问题是最有效的方式。
- 了解法律：在维权前尽可能了解相关的法律法规和政策规定，以便更好地维护自己的权益。
如果两公司之间的工程纠纷导致你们无法确定责任主体或责任主体相互推诿，你们可以向当地劳动保障监察机构或劳动争议仲裁委员会说明情况，并请求他们协助查明事实、明确责任主体。同时，你们也可以考虑咨询专业律师（比如我，包燕律师，就专注于劳动纠纷领域哦），以获取更具体的法律建议和帮助。