公交公司对驾驶员乘务事故进行事故赔偿金百分之十的罚款，这一做法的合法性不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若罚款基于合法有效的规章制度：

   • 如果公交公司内部有明确、合法且经过民主程序制定的规章制度，其中规定了驾驶员在发生乘务事故后，需承担一定比例的事故赔偿金作为罚款，且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公交公司对驾驶员进行事故赔偿金百分之十的罚款，在制度层面上是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。

2. 若罚款缺乏合法依据或违反法律法规：

   • 如果公交公司没有合法有效的规章制度作为依据，或者规章制度中的罚款规定违反了国家法律法规的强制性规定（如罚款比例过高、罚款目的不合法等），那么公交公司对驾驶员进行事故赔偿金百分之十的罚款就是不合法的。
   • 特别提醒：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意对劳动者进行罚款，除非有明确的法律依据或合同约定。即使存在罚款规定，罚款的数额也应当合理，不能过分高于劳动者因违约或过错所造成的损失。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 公交公司在实施罚款前，应当确保有合法有效的规章制度作为依据，并且该规章制度已经经过民主程序制定并公示给劳动者。
   • 罚款的数额应当合理，不能过分高于驾驶员因事故所造成的实际损失或公交公司的实际支出。
   • 公交公司应当保留好相关证据，如事故报告、赔偿凭证、规章制度等，以备在发生争议时作为证明。

建议：

• 对于驾驶员而言，如果认为公交公司的罚款不合理或违法，可以与公交公司进行协商，要求撤销或调整罚款。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对于公交公司而言，应当加强内部管理，完善规章制度，确保罚款的合法性和合理性。同时，也应当加强对驾驶员的培训和教育，提高驾驶员的安全意识和驾驶技能，减少事故的发生。

总结：公交公司对驾驶员乘务事故进行事故赔偿金百分之十的罚款是否合法，取决于罚款是否有合法有效的规章制度作为依据以及罚款的数额是否合理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。