结论：九点以后才算加班费是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。
分析如下：
加班费的计算依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费是基于劳动者超出正常工作时间的工作量来计算的。正常工作时间通常指的是每日不超过8小时，每周不超过40小时的标准工时制。超出这个时间范围的工作，即视为加班，用人单位应支付相应的加班费。
九点以后才算加班费的情况：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定，或者通过规章制度规定，将每日的工作时间延长至九点之后才开始计算加班费，且这种约定或规定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同自治的角度来看，这种约定可能是有效的。但这种约定必须合法、合理，且不得损害劳动者的合法权益。例如，如果用人单位将正常工作时间延长至九点，而实际上劳动者在九点之前已经工作了很长时间，那么这种约定就可能被视为不合理，从而无效。
- 另一种情况是，用人单位可能实行的是不定时工作制或综合计算工时工作制。在这些特殊工时制度下，加班费的计算方式可能与标准工时制不同。但是，即使实行这些特殊工时制度，用人单位也需要确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，且需要依法获得相关部门的批准。如果未经批准或超出法定标准，那么用人单位仍然需要支付加班费。
合法性判断：
- 判断“九点以后才算加班费”是否合法，关键在于看这种约定或规定是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否损害了劳动者的合法权益。如果违反了法律法规或损害了劳动者权益，那么这种约定或规定就是无效的，用人单位仍然需要按照法定标准支付加班费。
建议：
- 对于劳动者来说，如果用人单位提出“九点以后才算加班费”的约定或规定，劳动者应仔细审查劳动合同和规章制度，确保自己的权益不受损害。如果认为这种约定或规定不合理或违法，可以向用人单位提出异议，或者向劳动监察部门投诉。
- 对于用人单位来说，应遵守法律法规的规定，合理确定工作时间和加班费支付标准。如果需要实行特殊工时制度，应依法获得相关部门的批准，并确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准。
总结：九点以后才算加班费是否合法，取决于具体的约定或规定是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否损害了劳动者的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。