结论：公司国定假一部分员工上班、一部分员工不上班，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。
分析：
法定假日的加班规定：
- 根据《劳动法》的相关规定，法定假日是劳动者依法享受的休息日，用人单位在法定假日安排劳动者工作的，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这意味着，如果公司在法定假日安排员工上班，必须支付相应的加班费。
公司安排上班的合法性：
- 如果公司因为业务需要，确实需要在法定假日安排部分员工上班，这是合法的，但前提是必须支付加班费，并且不能强迫员工加班，应尊重员工的意愿。
- 如果公司未支付加班费，或者强迫员工在法定假日上班，则违反了《劳动法》的规定，员工有权拒绝，并可以向劳动监察部门投诉。
公司安排部分员工上班、部分员工不上班的合理性：
- 公司根据业务需求、员工岗位性质等因素，合理安排部分员工在法定假日上班，部分员工休息，这是合理的。但关键在于，这种安排必须公平、公正，不能存在歧视或不合理的情况。
- 如果公司因为某种原因（如员工关系、个人喜好等）不公平地安排员工上班或休息，这可能引发员工的不满和纠纷，甚至可能构成违法行为（如歧视）。
员工权益保护：
- 员工在面对公司的不合理安排时，应了解自己的权益，包括拒绝不合理加班、要求支付加班费等。
- 如果员工认为公司的安排违反了法律规定或侵犯了自己的权益，可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
建议：
- 对于公司而言，应合理规划业务需求，尽量避免在法定假日安排员工加班。如果确实需要加班，应提前与员工沟通，并支付相应的加班费。
- 对于员工而言，应了解自己的权益和义务，在面对公司的不合理安排时，勇敢维护自己的合法权益。
- 如果双方存在争议或纠纷，建议通过协商、调解或劳动仲裁等途径解决，以维护和谐的劳动关系。
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