公司制度规定不定时上班是否合法，需分情况讨论：

1. 不定时工作制需经审批
   根据《劳动法》及相关规定，企业实行不定时工作制（如高管、外勤、长途运输等岗位）必须向劳动行政部门申请审批，获得批准后方可实施。若公司未履行审批程序，直接在制度中规定不定时上班，则属于违法行为，员工有权拒绝并主张正常工时权益。

2. 审批通过后的合法性
   若公司已依法获得不定时工作制审批，其制度规定原则上合法。但需注意以下限制：

   • 岗位适用性：仅限审批文件中明确的岗位（如销售、司机等），不得扩大至全体员工；
     
   • 工资计算：不定时工作制员工通常不适用加班费规定，但公司需保证员工平均周工作时间不超过法定标准（一般每日不超过8小时，每周不超过40小时）；
     
   • 休息保障：公司应通过轮休、调休等方式确保员工休息权，不得强制连续工作。

3. 员工权益保护

   • 知情权：公司需在劳动合同或规章制度中明确告知员工实行不定时工作制；
     
   • 异议权：若员工认为岗位不适用不定时制（如办公室文员被强制不定时上班），可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
     
   • 补偿权：部分地区规定，不定时工作制员工在法定节假日工作的，公司需支付300%工资（如上海），具体以地方政策为准。

建议行动：

• 若公司未审批即实施不定时制，员工可收集考勤记录、制度文件等证据，向劳动仲裁委申请确认制度违法，并主张加班费或调休；
  
• 若公司已审批但存在超时工作、未支付法定假日工资等情形，员工可依据《劳动争议调解仲裁法》要求公司补发工资或赔偿。
  

温馨提示：劳动法律问题具有地域性差异，具体操作需结合您所在省份的细则。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。