建设项目占用农用地一般不能通过协议出让方式取得土地使用权。具体分析如下：

1. 农用地转用审批要求
   根据《土地管理法》第四十四条，建设项目占用农用地需先办理农用地转用审批手续，将农用地转为建设用地。此审批由省级政府或国务院批准，且需符合土地利用总体规划。未完成转用审批前，任何单位或个人不得改变土地用途。

2. 土地出让方式限制
   根据《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》，工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地，以及同一宗地有两个以上意向用地者的，必须通过招标、拍卖或挂牌方式公开出让。协议出让仅适用于以下特殊情形：

• 供应工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以外用途的土地，且同一宗地只有一个意向用地者；
  
• 政府实施城市规划进行旧城区改建，需要协议出让原土地使用权人回迁安置的；
  
• 出让土地使用权人申请续期，经审查准予续期的；
  
• 法律、行政法规规定的其他情形。
  农用地转用后若属于经营性用地或存在多个意向方，则必须公开出让，不得协议出让。

1. 例外情形与合规风险
   若建设项目符合国家《划拨用地目录》（如国家机关用地、军事用地、城市基础设施用地等），可依法通过划拨方式取得土地使用权，无需出让程序。但需注意，划拨土地使用权不得擅自转让、出租或抵押，且若项目性质变更或土地用途调整，需补缴出让金并重新办理手续。若未经审批擅自协议出让农用地，可能面临土地违法处罚，包括责令退还土地、没收违法所得、罚款等，严重者可能构成非法转让土地使用权罪。

建议：若您涉及农用地转用项目，建议提前与自然资源部门沟通，确认土地用途、规划条件及出让方式，确保程序合法合规。如有具体项目需求，可进一步向我咨询细节。