有协议并不一定就不算非法占用农用地，是否构成非法占用农用地，关键在于协议内容是否合法以及实际使用行为是否符合法律规定。以下从不同角度为您详细分析：

协议内容合法性

1. 合法协议：如果协议是在双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且协议内容符合相关法律法规的规定，比如明确了土地的使用性质、使用期限、使用方式等，并且没有违反土地管理、农业管理等相关法律法规的强制性规定，那么这份协议就是合法的。在这种情况下，按照协议使用农用地，通常不会被认定为非法占用。

2. 非法协议：如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，比如未经批准擅自改变土地用途、将农用地转为非农建设用地等，或者协议是在欺诈、胁迫等不正当手段下签订的，那么这份协议就是非法的。即使双方签订了这样的协议，并按照协议使用了农用地，也可能被认定为非法占用。

实际使用行为合法性

1. 合法使用：即使协议是合法的，但如果在实际使用过程中，违反了协议约定的使用方式、使用期限等，或者违反了土地管理、农业管理等相关法律法规的规定，比如超出了批准的使用范围、改变了土地的使用性质等，那么这种实际使用行为就可能是非法的。

2. 非法使用：如果协议本身是非法的，或者在实际使用过程中存在严重的违法行为，比如未经批准擅自占用农用地进行非农建设、破坏农用地等，那么这种行为就明确构成了非法占用农用地。

法律后果

• 行政处罚：对于非法占用农用地的行为，土地管理部门有权进行行政处罚，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等，并可以处以罚款。

• 刑事责任：如果非法占用农用地的行为情节严重，比如数量较大、造成农用地大量毁坏等，那么还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。

建议：

• 在签订涉及农用地的协议时，务必确保协议内容合法合规，明确双方的权利和义务。
• 在实际使用农用地时，要严格按照协议约定和相关法律法规的规定进行使用，不得擅自改变土地用途或进行其他违法行为。
• 如果对协议内容或实际使用行为存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或相关部门的意见。

如果您在农用地使用方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。