结论：公司内审连续两年发现同一部门同一条款的问题，第二次是否应判为严重不符合，不能一概而论，需结合具体情况、公司内审制度及相关法规进行综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、从公司内审制度的角度
内审制度的具体规定：
- 公司内审制度通常会明确规定不符合项的判定标准，包括轻微不符合、一般不符合和严重不符合的界定。
- 若制度中明确规定，连续两年发现同一部门同一条款的问题应直接判定为严重不符合，则应遵循该规定。
内审制度的执行与灵活性：
- 即便制度中有相关规定，内审团队在执行时也应考虑问题的实际情况，如问题的性质、影响范围、是否已采取纠正措施等。
- 若问题虽连续两年出现，但已得到有效控制或正在逐步改进，内审团队可酌情考虑不直接判定为严重不符合。
二、从问题性质与影响的角度
问题的严重性：
- 若该条款问题涉及公司核心业务、财务安全或法律合规等关键领域，且对公司的运营或声誉造成显著影响，则第二次发现时应倾向于判定为严重不符合。
- 若问题性质较轻，未对公司造成实质性损害，且部门已采取积极措施进行改进，则可不直接判定为严重不符合。
问题的持续性与改进情况：
- 若部门在第一次发现问题后未采取有效措施进行改进，导致问题连续两年出现，则第二次发现时应视为严重不符合，以体现对问题持续性的重视。
- 若部门在第一次发现问题后已采取积极措施，并取得显著改进效果，但问题仍因某种原因再次出现，内审团队可考虑不直接判定为严重不符合，而是要求部门进一步分析原因并加强控制。
三、从法律合规的角度
相关法律法规的要求：
- 若该条款问题涉及法律合规性，如违反行业规定、法律法规等，则第二次发现时应严格判定为严重不符合，以确保公司符合法律要求。
- 内审团队应关注相关法律法规的更新和变化，确保内审工作的合规性。
法律后果的考量：
- 判定为严重不符合可能引发一系列法律后果，如监管处罚、法律诉讼等。内审团队在做出判定前应充分评估这些后果，并确保判定结果的合理性和合法性。
四、建议与措施
完善内审制度：
- 公司应定期审查并更新内审制度，明确不符合项的判定标准和处理流程，确保内审工作的规范性和有效性。
加强部门沟通与协作：
- 内审团队应与相关部门保持密切沟通，了解问题的实际情况和改进措施，确保判定结果的客观性和公正性。
强化培训与教育：
- 公司应加强对员工的培训和教育，提高员工对内审工作的认识和重视程度，减少类似问题的再次发生。
建立持续改进机制：
- 公司应建立持续改进机制，对内审中发现的问题进行跟踪和复查，确保问题得到有效解决并防止类似问题的再次出现。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将结合您的具体情况和公司内审制度，为您提供专业、全面的法律服务。