二审法院不直接审查合同条款，而是以合意推翻合同条款，并不必然构成严重违法，但需满足特定条件且程序合法。以下从不同角度详细分析：

一、二审法院的审查范围与权力

1. 二审法院的全面审查原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，二审法院应当对上诉请求的有关事实和适用法律进行审查。这包括对一审判决认定的事实和适用的法律进行全面审查，而不仅仅局限于当事人上诉的范围。
   • 在合同纠纷案件中，二审法院有权对合同条款的效力、解释以及是否构成违约等关键问题进行审查。

2. 二审法院的自由裁量权：

   • 二审法院在审查过程中，享有较大的自由裁量权。这包括对证据的认定、事实的判断以及法律的适用等方面。
   • 如果二审法院认为一审判决在事实认定或法律适用上存在错误，有权依法改判或撤销原判，发回重审。

二、以合意推翻合同条款的合法性

1. 合同自由原则：

   • 合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。根据合同自由原则，当事人有权在法律规定的范围内自由约定合同条款。
   • 如果双方当事人在二审过程中达成新的合意，且该合意不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么二审法院可以依据该合意对合同条款进行变更或撤销。

2. 合意推翻合同条款的条件：

   • 双方自愿：合意必须是双方当事人真实、自愿的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
   • 不违反法律：合意的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则将无效。
   • 不违背公序良俗：合意不得违背社会公德和公共利益，否则同样无效。
   • 程序合法：合意的达成必须遵循法定程序，如双方当事人应当出庭或委托代理人出庭参与诉讼，对合意内容进行充分辩论和确认。

三、二审法院以合意推翻合同条款可能存在的问题

1. 程序瑕疵：

   • 如果二审法院在未充分听取双方当事人意见、未进行充分辩论的情况下，直接以合意推翻合同条款，可能构成程序违法。
   • 程序违法可能导致二审判决被撤销或改判，甚至可能引发再审程序。

2. 实体错误：

   • 如果二审法院对合意的真实性、合法性审查不严，导致错误地以合意推翻合同条款，可能构成实体错误。
   • 实体错误同样可能导致二审判决被撤销或改判，损害当事人的合法权益。

四、建议与注意事项

1. 对当事人的建议：

   • 如果您认为二审法院以合意推翻合同条款存在错误，可以依法申请再审或向检察机关申请检察建议或抗诉。
   • 在申请再审或抗诉过程中，应提供充分的证据证明二审判决存在程序违法或实体错误。

2. 对二审法院的建议：

   • 二审法院在审查合同纠纷案件时，应严格遵循法定程序，充分听取双方当事人意见，确保合意的真实性、合法性。
   • 在行使自由裁量权时，应谨慎、公正，避免滥用权力导致判决错误。

总结来说，二审法院不直接审查合同条款，而是以合意推翻合同条款，并不必然构成严重违法。但这一行为必须满足双方自愿、不违反法律、不违背公序良俗以及程序合法等条件。如果您在合同纠纷案件中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。