在行政处罚中，若发现公司存在两次违法行为，是否需要从重处罚，需结合具体违法情形、相关法律规定及行政处罚的裁量原则来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从重处罚的法定情形：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关单行法律的规定，行政机关在实施行政处罚时，应遵循过罚相当原则，即处罚的种类和幅度应与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应。
   • 若法律、法规或规章明确规定，对于多次违法或情节严重的违法行为应从重处罚，则行政机关在发现公司存在两次违法行为时，可依法从重处罚。例如，某些环保法规可能规定，对于多次排放超标的企业，应处以更严厉的罚款或采取更严格的监管措施。

2. 从重处罚的裁量原则：

   • 即使法律没有明确规定多次违法应从重处罚，行政机关在裁量时也可考虑违法行为的次数作为情节严重的因素之一，从而在法定幅度内选择较重的处罚种类或幅度。
   • 行政机关在裁量时，应综合考虑违法行为的性质、情节、社会危害程度以及公司的主观过错等因素，确保处罚的公正性和合理性。

3. 具体案例分析：

   • 假设某公司因违反安全生产规定被行政机关处罚后，再次违反相同规定，且第二次违法行为导致了更严重的后果（如人员伤亡或财产损失）。在此情况下，行政机关可依法认定该公司属于情节严重，从而在第二次处罚时选择更严厉的处罚措施。
   • 另一方面，如果该公司的两次违法行为均较为轻微，且未造成严重后果，行政机关在裁量时可能不会因违法次数而直接选择从重处罚，而是会综合考虑其他因素来决定处罚的种类和幅度。

4. 法律建议：

   • 对于公司而言，应严格遵守法律法规，避免违法行为的发生。一旦因违法行为受到行政处罚，应积极整改，防止类似行为再次发生。
   • 若公司认为行政机关的处罚决定存在不当之处，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。

总结来看，行政处罚中发现公司违法两次是否需要从重处罚，并无一概而论的答案。它取决于具体违法情形、相关法律规定以及行政机关的裁量原则。因此，在面对此类问题时，建议公司咨询专业律师，以便更准确地了解自身权利和义务，并制定有效的应对策略。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。