法院判决确定劳动关系是合法的，且这一判决具有明确的法律效果和重要意义。以下从多个角度为你详细分析：
一、法院判决确定劳动关系的法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第七条：明确规定用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。这意味着，只要劳动者实际为用人单位提供了劳动，双方就建立了劳动关系，无论是否签订书面劳动合同。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十条：赋予了当事人对劳动争议仲裁裁决不服时，向人民法院提起诉讼的权利。这为法院对劳动关系进行司法判定提供了法律基础。
二、法院判决确定劳动关系的认定标准
在判定劳动关系是否存在时，法院会综合考虑以下几个关键因素：
主体资格合法性：
- 用人单位必须是依法登记注册、具有合法经营资格的企业、个体经济组织或其他合法用工主体。
- 劳动者需达到法定劳动年龄，具备劳动能力，并且未与其他单位存在影响本职工作的劳动关系或享受基本养老保险待遇等情况。
从属性管理关系：
- 劳动者必须接受用人单位的管理，遵守其制定的各项规章制度，如考勤制度、工作纪律等。
- 这种管理关系以指挥和服从为主要特征，体现了劳动者对用人单位的依附性。例如，劳动者需按照用人单位的安排进行工作，接受用人单位的监督和考核。
劳动的组成部分：
- 劳动者所提供的劳动必须是用人单位业务活动的有机组成部分。即劳动者的劳动成果直接归属于用人单位，并以劳动换取用人单位支付的报酬。比如，餐厅中的厨师制作菜品，其劳动成果（菜品）直接归属于餐厅，厨师也以此获得餐厅支付的工资。
证据支持：
- 法院在认定过程中，会重点审查双方提交的各类证据，包括但不限于劳动合同、工资支付记录、社保缴纳证明、工作证、考勤记录以及同事的证人证言等。其中，工资支付凭证、招用记录、考勤记录等由用人单位负举证责任。
三、法院判决确定劳动关系的法律效果
对劳动者的影响：
- 工资及福利待遇：劳动者有权要求补发拖欠的工资，并享受相应的福利待遇，如社会保险、住房公积金等。若用人单位未依法缴纳社会保险，劳动者还有权要求用人单位补缴。
- 工伤认定及赔偿：劳动关系确认是进行工伤认定的前提。劳动者若被认定为工伤，有权享受工伤保险待遇；若用人单位未缴纳工伤保险，则需承担相应赔偿责任。例如，劳动者在工作过程中受伤，经认定为工伤后，可获得医疗费用、伤残津贴等赔偿。
- 经济补偿或赔偿：在劳动关系解除或终止时，劳动者可能有权要求经济补偿或赔偿金。特别是因用人单位违法解除或终止劳动关系时，劳动者可依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，要求用人单位支付赔偿金。
对用人单位的影响：
- 履行法律义务：用人单位需依法支付工资、补缴社会保险、提供劳动保护和条件等。若用人单位未履行这些义务，可能面临劳动行政部门的改正要求和罚款处罚，甚至可能被强制执行。
- 规范管理及避免纠纷：法院判决确认劳动关系后，也提示用人单位应反思并改进劳动用工管理，加强劳动合同管理，规范用工行为，以避免类似纠纷的再次发生。
四、实际案例说明
以敦煌市法院的一起案例为例，尽管双方未签订书面劳动合同，但法院根据工资支付凭证、劳动者的工作内容及受用人单位管理的事实，判决确认了双方存在事实劳动关系。这一案例进一步强调了劳动关系确认的重要依据和法律效果，也体现了法院在审理劳动争议案件时，会依法对劳动关系的存在进行认定，并保障劳动者的合法权益。
总结与建议：
法院判决确定劳动关系是合法的，且这一判决对于明确双方的权利义务、保障劳动者的合法权益以及规范用人单位的用工行为具有重要意义。如果你或你身边的人遇到了劳动关系确认方面的纠纷，建议及时收集相关证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，并向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。