法院可以主张并认定劳动关系的合法性。以下是对这一问题的详细解释：
在劳动争议案件中，当双方对于劳动关系的存在产生争议，且无法通过协商或劳动仲裁解决时，当事人有权向人民法院提起诉讼，请求对劳动关系进行司法判定。法院在审理此类案件时，会依据相关法律法规和司法解释，对劳动关系的存在与否进行认定。
认定依据
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第七条明确规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。这为劳动关系的存在提供了法律基础。
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十条进一步规定，若当事人对劳动争议仲裁裁决不服，可以向人民法院提起诉讼，从而赋予了人民法院对劳动关系进行认定的法律权限。
认定标准：
- 法院在判定劳动关系是否存在时，会综合考虑主体资格合法性、从属性管理关系、劳动的组成部分以及证据支持等多个关键因素。
- 具体包括用人单位的合法经营资格、劳动者的劳动能力、劳动者是否接受用人单位的管理、劳动者所提供的劳动是否是用人单位业务活动的有机组成部分等。
认定流程
- 立案审查：法院在接收到当事人的诉状后，会进行严格的立案审查，确保诉讼程序的正式启动。
- 开庭审理：立案成功后，法院将安排开庭审理，双方当事人或其代理人需要详细陈述各自的事实、理由和证据，并进行质证和辩论。
- 作出裁决：在充分听取双方意见并仔细审查相关证据的基础上，法院将依据相关法律法规和司法解释，对劳动关系的存在与否作出明确的裁决。
实例分析
以一起学校未与兼职老师签订劳动合同被诉要求认定劳动关系的案件为例，法院在审理过程中，综合考虑了双方的实际用工特征，包括工作内容、工作时间、地点、考勤管理以及薪酬发放方式等，最终认定双方存在事实劳动关系。这一案例进一步说明了法院在认定劳动关系时，会注重实质要件，即人格从属性和组织从属性。
综上所述，法院能够并会依法认定劳动关系的合法性。在劳动争议案件中，当事人可以依法向人民法院提起诉讼，请求对劳动关系进行司法判定。法院将依据相关法律法规和司法解释，综合考虑多个因素，对劳动关系的存在与否作出明确的裁决。