结论：在分公司参保但合同是跟总公司的上级控股公司签，这种操作本身并不直接违法，但需要满足一定条件并确保符合相关法律法规的规定。同时，若分公司是劳务派遣机构，还需特别注意劳务派遣的相关规定。

分析说明：

1. 参保与合同签订主体的关系：

   • 参保通常指的是为员工缴纳社会保险，这是用人单位的法定义务。
   • 合同签订主体则是确定劳动关系的关键，即谁与员工签订劳动合同，谁就是员工的用人单位。
   • 在您描述的情况下，虽然员工在分公司参保，但合同是与总公司的上级控股公司签订的。这并不意味着这种操作一定违法，但关键在于是否满足了劳动关系的实质要件，以及是否符合社会保险缴纳的相关规定。

2. 合法性的关键要素：

   • 劳动关系实质：需要确认员工实际上是为哪个公司工作，接受哪个公司的管理，以及由哪个公司支付工资等。如果员工实际上是为分公司工作，但合同却与总公司的上级控股公司签订，这可能会引发劳动关系的认定问题。
   • 社会保险缴纳：根据《社会保险法》的规定，用人单位应当为员工缴纳社会保险。如果分公司作为实际用人单位，却未以自身名义为员工缴纳社会保险，而是由其他公司（如总公司的上级控股公司）代缴，这可能会涉及社会保险缴纳的合规性问题。然而，如果分公司与总公司的上级控股公司之间有明确的协议，且该协议符合法律法规的规定，同时社会保险部门也认可这种缴纳方式，那么这种操作可能是合法的。

3. 劳务派遣机构的特殊情况：

   • 如果分公司是劳务派遣机构，那么它必须遵守《劳动合同法》中关于劳务派遣的规定。
   • 劳务派遣机构作为用人单位，应当与被派遣劳动者签订劳动合同，并为其缴纳社会保险。在这种情况下，如果合同是与总公司的上级控股公司签订的，而实际上员工是被派遣到其他单位工作的，那么这种操作可能违反了劳务派遣的相关规定。

法律建议：

• 明确劳动关系：建议明确员工实际上是为哪个公司工作，并确保劳动合同的签订主体与实际用人单位一致。
• 合规缴纳社会保险：确保社会保险的缴纳符合法律法规的规定，避免由非实际用人单位代缴社会保险。
• 遵守劳务派遣规定：如果分公司是劳务派遣机构，必须严格遵守《劳动合同法》中关于劳务派遣的规定，确保劳动合同的签订、社会保险的缴纳等符合法律法规的要求。

后续行动建议：

• 如果您对这种情况的合法性存在疑虑，建议咨询当地劳动部门或社会保险部门，以获取更具体的指导。
• 同时，也可以考虑对现有的劳动合同和参保方式进行审查，确保符合相关法律法规的规定，避免潜在的法律风险。

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