结论：实际底薪比合同底薪高，但续签合同仍按低底薪签的情况，可能涉及合同条款的效力、公司行为合法性以及员工权益保护等多个方面。以下是对此问题的详细分析：

一、合同条款的效力

1. 合同自愿原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方自愿达成的协议，合同内容应当真实反映双方的意愿。如果员工在续签合同时，明知实际底薪高于合同底薪，但仍选择按低底薪签订，这可能被视为员工对合同条款的认可。然而，如果员工是在不知情或被迫的情况下签订，则合同条款可能因存在欺诈、胁迫等情形而无效。

2. 显失公平原则：如果合同中的底薪条款明显低于实际发放的底薪，且这种差异对员工来说是不公平的，员工可以依据《民法典》中关于显失公平的规定，请求法院或仲裁机构变更或撤销该合同条款。

二、公司行为的合法性

1. 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司实际支付的底薪高于合同约定的底薪，但续签合同时却降低底薪，这可能违反了工资支付的规定，员工有权要求公司按照实际支付的底薪来续签合同或补足差额。

2. 诚信原则：公司在与员工续签合同时，应当遵循诚信原则，如实告知员工合同条款的内容及其变更情况。如果公司故意隐瞒或误导员工，导致员工在不知情的情况下签订了不利于自己的合同，公司可能承担相应的法律责任。

三、员工权益保护

1. 协商与沟通：员工在发现续签合同底薪低于实际底薪时，应首先与公司进行协商和沟通，要求公司按照实际支付的底薪来续签合同或补足差额。如果公司拒绝，员工可以进一步采取法律措施来维护自己的权益。

2. 法律途径：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资差额，并可能要求公司承担因违法解除劳动合同或未按照劳动合同约定支付劳动报酬而产生的赔偿责任。

四、实际操作建议

1. 保留证据：员工应保留好实际发放底薪的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时证明公司实际支付的底薪高于合同约定的底薪。

2. 谨慎签订合同：在续签合同时，员工应仔细阅读合同条款，确保合同内容真实反映双方的意愿和实际情况。如果发现合同条款存在不公平或不合理之处，应及时与公司沟通并寻求修改。

3. 及时咨询律师：如果员工对合同条款或公司的行为存在疑问或担忧，应及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径，以便更好地维护自己的合法权益。

最后，实际底薪比合同底薪高但续签合同仍按低底薪签的情况可能涉及多个法律方面的问题。员工应了解自己的权益和可能的法律途径，并在必要时寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。