职工有病不能上班，用人单位扣工资是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、法定医疗期内
医疗期定义与长度：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会根据实际参加工作年限和在本单位工作年限给予三个月到二十四个月的医疗期。
病假工资支付标准：
- 在法定医疗期内，用人单位应支付病假工资或疾病救济费。具体支付标准依据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，即病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则病假工资每月不得低于1600元。同时，也有观点认为，用人单位应当按照不低于本人标准工资的60%支付疾病津贴，但这一标准可能因地方政策或企业规定而有所提高。在实际操作中，应遵循就高不就低的原则，确保员工权益得到充分保障。
用人单位行为限制：
- 在医疗期内，用人单位不得通过无过失性辞退或经济性裁员单方面解除劳动合同，除非劳动者存在严重违反规章制度等过错情形。因此，若职工在医疗期内因病不能上班，用人单位扣工资是违法的。
二、超过法定医疗期
不能从事原工作及另行安排的工作：
- 若职工超过法定医疗期仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可依法解除劳动合同，但需按《劳动合同法》规定支付经济补偿。在此情况下，若职工未提供劳动，用人单位可不支付工资，但并非扣工资，而是不支付该期间的工资。
能从事工作：
- 若职工超过法定医疗期后能从事用人单位安排的工作，则应按照正常工资支付标准支付工资，用人单位不得克扣。
三、工伤医疗期
- 对于因工负伤的职工，根据《工伤保险条例》，在停工留薪期内（一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长至24个月），原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。在此期间，用人单位扣工资是违法的。
四、维权途径与建议
维权途径：
- 若用人单位在职工生病期间违法扣发工资，职工可通过以下途径维护自己的合法权益：与用人单位协商；向劳动监察部门投诉；申请劳动仲裁；必要时向法院提起诉讼。
建议：
- 职工在因病不能上班时，应及时向用人单位提供由公司指定的正规医院开具的病假证明，包括二级以上指定医院医生的病情诊断书和病假建议书。
- 保留好相关的医疗证明和请假记录，以备不时之需。
- 若遇到用人单位违法扣发工资的情况，应首先与用人单位协商解决；协商不成的，再考虑采取其他维权途径。
总结来说，职工有病不能上班时，用人单位在法定医疗期内和工伤医疗期内扣工资是违法的。超过法定医疗期后，若职工不能从事原工作及另行安排的工作，用人单位可依法解除劳动合同但不支付该期间工资；若能从事工作，则应按正常工资支付标准支付工资。职工在遇到此类情况时，应了解自己的合法权益并采取相应的维权措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。