针对您提出的“公司检查卫生不合格罚款5元是否合理”的问题，这确实是一个需要细致分析的情况。以下是我根据相关法律法规和常见实践，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司作为非行政机关，本质上不具备法律赋予的罚款权力。根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政机关的专属权力，用于对违反行政法规的行为进行处罚。因此，从严格法律意义上讲，公司自行设定并执行罚款制度，特别是针对员工卫生不合格的情况进行罚款，可能缺乏直接的法律依据。
接下来，我们分析公司罚款行为可能涉及的不合理情况：
法律层面缺乏依据：如前所述，公司没有法律赋予的罚款权力，因此，除非有特定的法律法规或地方性规章允许公司在特定情况下进行罚款（这种情况较为罕见），否则公司的罚款行为可能构成对员工权益的侵犯。
规章制度制定或执行不合法：
然而，也存在一些可能使公司罚款行为看似合理的情况，但这些情况通常并非直接的罚款，而是其他形式的管理手段或赔偿：
本质为扣减绩效工资：如果公司将卫生情况纳入绩效考核体系，并明确规定了卫生标准及其与绩效工资的关联方式，同时确保考核过程公开、透明、合理，那么因卫生不合格而扣减相应的绩效工资，可以被视为一种合理的管理手段。但前提是，公司必须在劳动合同或规章制度中有明确的约定，并且遵循公平、公正的原则。
因员工过错导致公司损失的赔偿：如果员工因卫生不合格给公司造成实际损失（如被相关部门处罚、客户投诉导致经济损失等），公司可以根据《工资支付暂行规定》第十六条要求员工赔偿经济损失。但赔偿需有限度，每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
综合考虑，我认为公司以卫生不合格为由直接罚款5元的行为，在缺乏明确法律依据和合法规章制度支持的情况下，是不合理的。公司应确保自身行为的合法性和合规性，同时尊重和保护员工的合法权益。如果公司希望改善卫生状况，可以通过制定合理的绩效考核制度、提供必要的卫生设施和培训、加强监督和管理等方式来实现，而不是直接采取罚款措施。
最后，我建议您可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司关于卫生管理的具体规定和依据，以及罚款行为的具体原因和目的。如果公司的行为确实违反了法律法规或劳动合同的约定，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。