公务员病假三个月以上是否扣基础绩效工资，需分情况讨论：

1. 基础性绩效与奖励性绩效的区分

   • 基础性绩效：通常与公务员的基本岗位、地区经济发展水平、物价水平等因素挂钩，而非直接与工作业绩相关。因此，在公务员请长病假期间，基础性绩效一般会正常发放，不会因病假时长而扣减。
   • 奖励性绩效：这部分绩效主要与公务员的工作表现、业绩成果等挂钩。由于长病假会导致公务员无法正常工作，从而影响工作业绩，因此在长病假期间，奖励性绩效可能会减发或不发。

2. 地区及单位的特殊规定

   • 不同地区、不同单位可能会根据自身实际情况制定具体的绩效工资发放办法。例如，有些地方可能规定，公务员病假在一定期限内（如2个月以内）绩效工资照发，超过一定期限后再按比例减发或停发。因此，具体是否扣减基础绩效工资，还需参考所在单位的具体规定。
   • 如果公务员是因工伤导致长病假，根据相关规定，在停工留薪期内，其原工资福利待遇不变，这通常也包括绩效工资的正常发放。但停工留薪期一般不超过12个月，且需经劳动能力鉴定委员会确认。

3. 实际操作建议

   • 了解单位规定：公务员应首先了解自己所在单位的人事管理规定和绩效工资分配办法，这些规定通常会对长病假期间绩效工资的发放作出明确规定。
   • 及时咨询与申请：在请长病假前，公务员应及时向单位人事部门或财务部门咨询相关政策，并按照规定进行申请和办理手续，确保自己的权益得到保障。
   • 保留相关证据：如因病假导致绩效工资扣减，且认为扣减不合理，公务员应保留好相关证据（如病假证明、单位规定等），以便在必要时进行维权。

总结与建议： 公务员病假三个月以上是否扣基础绩效工资，需结合基础性绩效与奖励性绩效的区分、地区及单位的特殊规定以及公务员的病假原因和时长来综合判断。一般来说，基础性绩效不会因病假而扣减，但奖励性绩效可能会受到影响。因此，建议公务员在请病假前详细了解所在单位的规定，并及时咨询相关部门，以确保自己的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。