违法占用耕地建住宅，应由当地自然资源部门（原国土资源部门）负责查处。以下是详细分析：

一、查处主体与职责

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，自然资源部门是负责土地管理和监督的主要部门。在发现违法占用耕地建住宅的行为后，自然资源部门会立即立案并展开详细调查，核实建房的具体位置、面积、土地性质以及建房主体等信息，以确定所占用的土地是否确实属于耕地，以及建房行为是否未经合法审批程序。

二、查处流程与措施

1. 调查与认定：

   • 自然资源部门在接到举报或巡查发现违法占用耕地建住宅后，会迅速展开调查，收集相关证据，包括现场勘查记录、照片、视频等，以确认违法事实。

2. 责令停止与改正：

   • 一旦认定为违法占用耕地建住宅，自然资源部门会下达《责令停止违法行为通知书》，要求当事人立即停止建房活动，防止违法行为进一步扩大对土地资源的破坏。
   • 同时，根据具体情况，政府部门可能会责令当事人在规定期限内改正违法行为，如补办用地审批手续、缴纳相关费用等，以使建房行为符合法律规定。

3. 限期拆除与恢复：

   • 如果所建房屋不符合土地利用总体规划，或者无法通过补办手续使其合法化，自然资源部门将下达《责令限期拆除决定书》，要求当事人在规定期限内自行拆除违法建设的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
   • 若当事人逾期不拆除，政府有权依法组织强制拆除，且拆除费用由违法当事人承担。此外，县级以上人民政府自然资源主管部门还会责令行为人退还非法占用的土地。

4. 罚款与追责：

   • 自然资源部门还会根据违法情节的严重程度，对违法占用耕地建住宅的当事人处以罚款。罚款标准通常按照非法占用土地的面积等因素确定。
   • 如果违法占用耕地建住宅的行为违反土地管理法规，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地大量毁坏的，涉嫌犯罪（如非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上），自然资源部门会将案件移送司法机关，依法追究刑事责任。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 违法占用耕地建住宅是严重的违法行为，不仅会导致法律后果的承担，如罚款、拆除建筑物、恢复土地原状等，还可能面临刑事追责。
   • 此外，违法占用耕地还会对个人和社会造成不必要的损失，如影响粮食安全、破坏生态环境等。

2. 建议：

   • 公众应严格遵守土地管理法规，避免违法占用耕地建住宅行为的发生。
   • 如果已经存在此类情况，应尽快按政府要求整改，如补办用地审批手续、缴纳相关费用、自行拆除违法建筑物等，以减少不必要的法律风险和损失。
   • 在建房前，应充分了解土地性质和规划要求，确保建房行为符合法律规定。如有疑问或需要帮助，可直接向我咨询。

综上所述，违法占用耕地建住宅应由当地自然资源部门负责查处，并会依法采取一系列措施进行处罚和纠正。公众应严格遵守土地管理法规，避免此类违法行为的发生。