结论前置：对于宅基地占用基本农田的违法行为，主要由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处，同时自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也承担相应的协同管理和协助执法职责。
详细分析：
主要执法主体——县级以上人民政府农业农村主管部门
- 根据新修正的《土地管理法》第78条，农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处。这包括责令退还非法占用的土地，以及限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 农业农村部门不仅负责农村宅基地改革和管理有关工作，还承担起草相关法律法规草案及政策、指导宅基地分配使用流转、纠纷仲裁管理以及违法用地查处等职责。因此，在宅基地占用基本农田的违法行为查处中，农业农村部门是主要的执法主体。
协同管理部门——自然资源主管部门
- 自然资源主管部门在宅基地占用基本农田的违法行为查处中也扮演着重要角色。特别是对于涉及违反土地利用总体规划、占用农用地特别是耕地（包括基本农田）等违法宅基地建设行为，自然资源主管部门有权进行查处，并依法作出相应的处罚决定。
- 自然资源主管部门与农业农村部门在宅基地管理方面有着密切的协作关系，共同维护农村宅基地使用的合法性和秩序性。
基层协助执法——乡（镇）人民政府
- 乡（镇）人民政府在日常管理中对维护农村宅基地使用秩序起到重要作用。它们有责任对本辖区内的宅基地使用情况进行监督管理，发现违法建设行为可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
- 乡（镇）政府凭借其贴近基层、反应迅速的优势，在及时发现和制止正在进行的违法建设行为方面发挥着不可替代的作用。虽然其执法权力相对有限，但在宅基地占用基本农田的违法行为查处中，其协助执法的作用不容忽视。
法律背景与建议：
- 宅基地是农村村民的重要财产权益，其使用必须严格遵守法律法规的规定。占用基本农田建住宅是严重的违法行为，不仅损害了国家粮食安全，也破坏了农村土地资源的合理利用。
- 对于宅基地占用基本农田的违法行为，相关部门应依法进行查处，并追究相关责任人的法律责任。同时，农村村民也应增强法律意识，自觉遵守宅基地使用规定，避免触犯法律红线。
- 如果您或您身边的人遇到了宅基地占用基本农田的违法行为，建议及时向当地农业农村主管部门或自然资源主管部门举报，并配合相关部门的调查和处理工作。
可能法律后果：
- 对于非法占用土地建住宅的农村村民，县级以上人民政府农业农村主管部门将责令其退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。逾期不拆除的，相关部门将依法强制拆除，并可能处以罚款等行政处罚。
- 如果非法占用土地的行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。因此，农村村民在使用宅基地时，必须严格遵守法律法规的规定，避免触犯法律红线。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在房产纠纷或经济纠纷领域有任何法律问题，都可以直接向我咨询。