设施农用地占基本农田的查处，主要由自然资源主管部门负责。以下是对此问题的详细分析：
一、查处主体
根据相关法律法规和政策规定，自然资源主管部门（原国土资源主管部门）是负责土地管理和监督的主要部门，对于设施农用地占用基本农田的行为，自然资源主管部门有权进行查处。这包括但不限于对违法占用土地的行为进行调查、取证、认定，并依法作出行政处罚决定。
二、查处依据
法律法规：
- 《中华人民共和国土地管理法》：该法规定了土地的管理、使用、保护等方面的基本制度，对于违法占用土地的行为，明确了相应的法律责任。
- 《基本农田保护条例》：该条例专门针对基本农田的保护制定了详细规定，包括基本农田的划定、保护、监督和管理等方面，对于占用基本农田的行为，有严格的限制和处罚措施。
政策文件：
- 国家和地方政府可能出台了一系列关于设施农用地管理的政策文件，这些文件可能对设施农用地的定义、范围、使用条件等进行了明确规定，同时也是查处设施农用地占用基本农田行为的重要依据。
三、查处流程
- 发现违法行为：自然资源主管部门通过日常巡查、群众举报、卫星遥感监测等方式，发现设施农用地占用基本农田的违法行为。
- 调查取证：对发现的违法行为进行调查，收集相关证据，包括现场勘查记录、照片、视频、证人证言等。
- 认定违法行为：根据调查取证的结果，认定是否存在设施农用地占用基本农田的违法行为，并确定违法行为的性质、情节和后果。
- 作出行政处罚决定：根据认定的违法行为，依法作出行政处罚决定，包括责令停止违法行为、限期改正、罚款、没收违法所得等。
- 执行行政处罚决定：对作出的行政处罚决定进行执行，确保违法行为得到纠正，并维护土地管理秩序。
四、法律后果
对于设施农用地占用基本农田的行为，一旦被查处，将面临严重的法律后果。除了上述的行政处罚外，还可能涉及刑事责任。如果违法行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。
五、建议与提醒
- 严格遵守法律法规：在使用土地时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保土地使用的合法性和合规性。
- 加强自我监督：对于设施农用地的使用，应加强自我监督和管理，确保不占用基本农田等受保护的土地资源。
- 及时咨询专业律师：如果对土地使用或相关法律法规存在疑问或困惑，应及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
如果您在设施农用地或基本农田保护方面遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。