破坏农用地的查处主要由自然资源主管部门（原国土资源部门）负责，若涉及刑事犯罪，则公安机关也会介入调查。以下是对此问题的详细分析：
一、行政查处
查处主体：
- 根据《土地管理法》及相关规定，自然资源主管部门是负责土地管理和监督的主要部门，包括农用地的保护和管理。因此，当发现破坏农用地的行为时，自然资源主管部门有权进行查处。
查处措施：
- 自然资源主管部门在查处破坏农用地行为时，可以采取多种措施，包括责令停止违法行为、限期恢复原状、罚款等。对于情节严重的，还可以提请县级以上人民政府责令限期治理或者关闭相关企业。
查处流程：
- 自然资源主管部门在接到破坏农用地的举报或发现相关线索后，会进行初步调查核实。
- 如果确认存在违法行为，会依法下达责令停止违法行为通知书，并要求违法者限期恢复原状或采取其他补救措施。
- 如果违法者拒不执行或情节严重，自然资源主管部门可以进一步采取罚款、提请政府责令治理或关闭等措施。
二、刑事查处
立案标准：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，构成非法占用农用地罪。
- 具体的数量标准包括非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上，以及造成相应土地种植条件严重毁坏或污染。
查处主体：
- 当破坏农用地的行为涉嫌构成非法占用农用地罪时，公安机关会介入调查。
- 公安机关在调查过程中，会收集证据、询问嫌疑人、勘验现场等，以确定是否构成犯罪以及犯罪的情节和后果。
法律后果：
- 如果构成非法占用农用地罪，犯罪者将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。
三、实际案例与法律建议
实际案例：
- 假设某村民未经批准，擅自占用村里的耕地建设厂房，导致耕地种植条件严重毁坏。自然资源主管部门在巡查中发现后，会依法进行查处，并要求该村民限期恢复原状。如果该村民拒不执行，自然资源主管部门可以提请县级以上人民政府责令限期治理或关闭相关厂房。同时，如果该行为构成非法占用农用地罪，公安机关也会介入调查，并依法追究犯罪者的刑事责任。
法律建议：
- 对于个人和单位来说，在使用土地时务必遵守相关法律法规，避免非法占用和破坏农用地。
- 如果发现有人破坏农用地，应及时向自然资源主管部门或公安机关举报，以便及时查处和保护土地资源。
- 对于涉嫌构成非法占用农用地罪的行为，犯罪者应积极配合调查，争取从轻或减轻处罚。
综上所述，破坏农用地的查处主要由自然资源主管部门负责，若涉及刑事犯罪，则公安机关也会介入调查。个人和单位在使用土地时应严格遵守相关法律法规，共同保护我们的耕地资源。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。