关于基本农田上建房由谁查处的问题，我可以明确地告诉您，这一行为涉及多个部门的管理和查处职责。

1. 自然资源部门：根据土地管理相关法律，基本农田受到严格保护，禁止未经批准在其上建房。若发现违法占用基本农田建房行为，自然资源部门可依法进行查处，有权责令停止违法行为，限期拆除在非法占用土地上新建的房屋，并恢复土地原状。

2. 农业农村部门：该部门负责农村宅基地改革和管理工作，对符合建房条件但未按规定在基本农田建房的情况，农业农村部门可根据职责进行指导和监管，引导农户合理利用土地资源，规范建房行为。特别是自2020年1月1日起，新修订的《土地管理法》明确规定，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的查处职责，由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。

3. 城乡规划部门：若建房涉及违反城乡规划，如未取得建设工程规划许可证等，城乡规划部门也可依照城乡规划相关法律法规进行处理。

综上所述，基本农田上建房的行为若被发现，可能会由自然资源部门、农业农村部门以及城乡规划部门根据各自职责进行查处。因此，建议农户在建房前务必了解并遵守相关法律法规，确保建房行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会尽力为您提供帮助。