一般耕地上的搭建棚子，通常由自然资源部门（原国土资源部门）或农业农村部门负责查处。以下是对此问题的详细分析：
一、查处主体
自然资源部门：
- 根据《土地管理法》及相关规定，自然资源部门负责土地资源的规划、管理、保护和监督工作。对于一般耕地上的非法搭建行为，自然资源部门有权进行查处，因为这涉及到土地用途的改变和土地资源的合理利用。
农业农村部门：
- 在某些情况下，特别是当搭建行为与农业设施或农业生产活动相关时，农业农村部门也可能参与查处。这是因为农业农村部门负责农业生产的规划、指导和监督，对于影响农业生产的非法搭建行为，他们有权进行干预。
二、查处依据
- 《土地管理法》：该法规定了土地的使用、管理和保护原则，对于非法占用土地、改变土地用途等行为，明确了相应的法律责任和处罚措施。
- 地方性法规和政策：各地可能根据实际情况制定了关于土地管理和使用的具体规定，这些规定也是查处非法搭建行为的重要依据。
三、查处流程
发现与报告：
- 自然资源部门或农业农村部门在日常巡查或接受举报后，发现一般耕地上的非法搭建行为。
调查与取证：
- 相关部门对搭建行为进行调查，收集证据，包括现场照片、视频、证人证言等。
责令改正与处罚：
- 根据调查结果，相关部门会责令搭建者限期改正，即拆除非法搭建的棚子。如果搭建者拒不改正，相关部门可以依法进行处罚，包括罚款、没收违法所得等。
强制执行：
- 在必要时，相关部门可以申请人民法院强制执行，以确保查处决定的落实。
四、特殊情况
- 合法搭建：如果搭建行为符合土地利用规划和农业生产需要，且已经办理了相关审批手续，那么这种搭建行为是合法的，不会被查处。
- 历史遗留问题：对于一些历史遗留的搭建问题，可能需要结合具体情况进行妥善处理，不能一概而论地予以查处。
五、建议与提醒
- 遵守法律法规：在一般耕地上搭建棚子前，务必了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保搭建行为的合法性。
- 及时咨询与审批：如果需要进行搭建，建议及时咨询当地自然资源部门或农业农村部门，了解审批流程和所需材料，确保搭建行为得到合法批准。
- 积极配合查处：如果收到相关部门的查处通知，应积极配合调查与整改工作，避免不必要的法律纠纷和损失。
如果您在一般耕地上搭建棚子时遇到了相关问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。