结论：员工占用公款1000多元，公司是可以报警的，但具体是否构成犯罪以及后续处理方式需根据实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
职务侵占罪的构成：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
- 数额较大的标准，根据最新的司法解释，通常指的是6万元以上。因此，仅从数额上看，1000多元并不构成职务侵占罪的“数额较大”标准。
报警的可行性：
- 尽管1000多元不构成职务侵占罪，但公司仍然有权向公安机关报案。公安机关会根据具体情况，如是否存在多次侵占、是否有其他违法犯罪行为等，进行调查处理。
- 如果员工的行为虽然数额不大，但性质恶劣，如通过欺骗、隐瞒等手段非法占有公司财物，且可能涉及其他违法犯罪行为，公安机关仍可能立案侦查。
民事赔偿与内部处理：
- 即使不构成犯罪，公司也有权要求员工返还非法占有的财物，并可以依据公司规章制度进行内部处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 如果员工拒绝返还，公司可以通过民事诉讼途径追讨损失。
二、实际操作角度
收集证据：
- 在报警前，公司应尽可能收集员工占用公款的证据，如财务记录、转账凭证、员工承认侵占的书面或录音证据等。
- 证据的充分性将直接影响公安机关的立案决定和后续的调查处理。
与员工沟通：
- 在报警前，公司也可以尝试与员工进行沟通，了解其占用公款的原因和态度，看是否能够通过协商解决问题。
- 如果员工愿意返还财物并承认错误，公司可以考虑给予一定的宽大处理，如减轻内部处罚等。
报警后的处理：
- 如果公司决定报警，应配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
- 公安机关立案后，将依法进行侦查，并根据调查结果决定是否移送检察机关审查起诉。
三、建议与风险提示
建议：
- 对于员工占用公款的行为，公司应首先进行内部调查，了解具体情况和原因。
- 如果数额不大且员工态度诚恳，可以考虑通过内部处理解决问题；如果数额较大或员工态度恶劣，应及时报警并配合公安机关的调查工作。
风险提示：
- 公司在处理此类事件时，应注意保护员工的合法权益，避免过度处理或侵犯员工隐私。
- 同时，公司也应加强内部管理，完善财务制度和监督机制，防止类似事件再次发生。
有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。