公务员辞职后违反5年限制就业规定，违法所得的确定需结合具体情形，一般以实际获取的与限制就业相关的收入为计算基础，同时需考虑是否存在成本扣除、是否涉及不正当利益等。 以下是具体分析：

1. 违法所得的基本认定原则
   根据《公务员法》及相关规定，公务员辞职后5年内不得在与原工作业务直接相关的企业或其他营利性组织任职，也不得从事与原工作业务直接相关的营利性活动。若违反此规定，违法所得通常指实际获取的与限制就业行为直接相关的收入，包括但不限于工资、奖金、分红、项目提成等。例如，若公务员辞职后到原业务关联企业任职并领取薪酬，该薪酬即属于违法所得。

2. 违法所得的计算方式

   • 直接收入计算：以实际收到的报酬为基准，无需扣除合理成本（如交通、通讯等必要支出），因违法所得的认定侧重于“非法获取”的性质，而非净收益。
     
   • 不正当利益计算：若通过违反限制就业规定获取了其他利益（如低价购房、股权优惠等），需根据市场价值或实际获利金额折算为违法所得。例如，以明显低于市场价购买关联企业房产，差价部分可能被认定为违法所得。
     
   • 时间范围界定：违法所得的计算期限为违反限制就业规定的整个期间（即5年内实际从事限制行为的时长），而非仅计算被查实的部分。

3. 需注意的特殊情形

   • 主动申报与被动查处：若公务员在违反规定后主动向原单位或监管部门申报并退还收入，可能减轻处罚，但已获取的收入仍可能被认定为违法所得。
     
   • 共同违法情形：若与他人共同实施违反限制就业行为（如合伙经营关联业务），需按各自实际获利比例分担违法所得责任。
     
   • 证据固定要求：违法所得的认定需以充分证据为基础，包括劳动合同、工资流水、项目合同、分红记录等。若无法证明收入与限制就业行为直接相关，可能难以被认定为违法所得。

4. 法律后果与救济途径
   违反限制就业规定的，除需退还违法所得外，还可能面临行政处分（如警告、记过等）、没收违法所得、罚款等处罚。若对处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需在法定期限内提出。

建议：若涉及具体案件，需结合收入性质、证据情况、行为持续时间等综合判断违法所得金额。如有疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况进一步分析。